使用igraph导入加权边缘列表

Question

我有以下txt文件表示边缘列表格式的网络。

前两列代表通常的：哪个节点连接到哪个其他节点

第三列表示权重，表示每个节点与另一个节点联系的次数。

我搜索了igraph文档，但没有提到在导入标准文件格式（如txt）时如何包含权重参数。

可以从here访问该文件，这是我一直在使用的代码：

read.graph("Irvine/OClinks_w.txt", format="edgelist")

此代码将第三列视为权重以外的其他内容。

有谁知道解决方案？

Answer 1

以下是否会引起太多烦恼？

g <- read.table("Irvine/OClinks_w.txt")
g <- graph.data.frame(g)

如果它直接来自文件你可以使用

g<-read.graph("Irvine/OClinks_w.txt",format="ncol")
E(g)$weight

Answer 2

如果您使用的是Python和igraph，则以下代码行可用于导入权重和顶点名称：

g1w=Graph.Read_Ncol("g1_ncol_format_weighted.txt",names=True)

注意：您必须告诉igraph使用names=True读取名称属性，否则只会导入顶点数字。

其中g1_ncol_format_weighted.txt类似于：

A B 2
B C 3

要确保导入正常，请使用以下行：

print(g1w.get_edgelist())
print(g1w.es["weight"])
print(g1w.vs["name"])