Question

我正在研究一些类似FASTA的序列（不是FASTA，但是我已经定义了一些与PISCES服务器上的一些淘汰的PDB类似的东西）。

我有一个问题。我有一小部分称为nCatSeq的序列，其中有多个nBasinSeq。我浏览了一个大的PDB文件，我想在每个nCatSeq中提取相应的nBasinSeq而没有字典中的冗余。执行此操作的代码段如下所示。

nCatSeq=item[1][n]+item[1][n+1]+item[1][n+2]+item[1][n+3]
nBasinSeq=item[2][n]+item[2][n+1]+item[2][n+2]+item[2][n+3]
if nCatSeq not in potBasin:
    potBasin[nCatSeq]=nBasinSeq
else:   
    if nBasinSeq not in potBasin[nCatSeq]:
        potBasin[nCatSeq]=potBasin[nCatSeq],nBasinSeq
    else:
        pass

我得到以下作为一个nCatSeq的答案，

'4241': ((('VUVV', 'DDRV'), 'DDVG'), 'VUVV')

我想要的是：

'4241':('VUVV'，'DDRV'，'DDVG'，'VUVV'）

由于以下命令，我不想要所有额外的括号

potBasin[nCatSeq]=potBasin[nCatSeq],nBasinSeq

（参见上面的代码段）

有办法做到这一点吗？

Answer 1

问题是用逗号“追加”一个元素每次只创建一个新的元组。要解决此问题，请使用列表和append：

nCatSeq=item[1][n]+item[1][n+1]+item[1][n+2]+item[1][n+3]
nBasinSeq=item[2][n]+item[2][n+1]+item[2][n+2]+item[2][n+3]
if nCatSeq not in potBasin:
    potBasin[nCatSeq]=[nBasinSeq]
elif nBasinSeq not in potBasin[nCatSeq]:
        potBasin[nCatSeq].append(nBasinSeq)

更好的做法是将potBasin改为普通词典，而不是用defaultdict替换它。然后可以将代码简化为：

# init stuff
from collections import defaultdict
potBasin = defaultdict(list)

# inside loop
nCatSeq=item[1][n]+item[1][n+1]+item[1][n+2]+item[1][n+3]
nBasinSeq=item[2][n]+item[2][n+1]+item[2][n+2]+item[2][n+3]
potBasin[nCatSeq].append(nBasinSeq)

Answer 2

您可以将它们添加为元组：

if nCatSeq not in potBasin:
    potBasin[nCatSeq] = (nBasinSeq,)
else:
    if nBasinSeq not in potBasin[nCatSeq]:
        potBasin[nCatSeq] = potBasin[nCatSeq] + (nBasinSeq,)

那样，而不是：

(('VUVV', 'DDRV'), 'DDVG')
# you will get
('VUVV', 'DDRV', 'DDVG') # == ('VUVV', 'DDRV')+ ('DDVG',)

Answer 3

您的问题归结为扁平化嵌套列表并消除冗余条目：

def flatten(nested, answer=None):
    if answer is None:
        answer = []
    if nested == []:
        return answer
    else:
        n = nested[0]
        if is instance(n, tuple):
            return flatten(nested[1:], nested(n[0], answer))
        else:
            return flatten(nested[1:], answer+n[0])

所以，使用嵌套字典：

for k in nested_dict:
    nested_dict[k] = tuple(flatten(nested_dict[k]))

如果你想消除重复的条目：

for k in nested_dict:
    nested_dict[k] = tuple(set(flatten(nested_dict[k])))

希望这有帮助

嵌套字典

3 个答案: