Question

我是R的新手，但我有一个微阵列数据集。我在一个位置有一个NA值，我尝试从库（impute）使用impute.knn（），但是在通过impute.knn（）函数运行矩阵之后，它似乎变成了另一个结构。谁能解释一下发生了什么？

> m <- as.matrix(m)

# checking structure
> str(m)
  num [1:22283, 1:20] 1942.1 40.1 72.1 4693.6 35.9 ...
  - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : chr [1:22283] "1007_s_at" "1053_at" "117_at" "121_at" ...
  ..$ : chr [1:20] "GSM146778-Normal" "GSM146780-Normal" "GSM146782-Normal"

# checking missing value of cell
> m[x,y] 
[1] NA

# impute missing value
> m.i <- impute.knn(m, 6)

# check value of imputed value
> m.i[x,y]
Error in r.imp["206054_at", "GSM146784-Normal"] : incorrect number of dimensions

# check structure of imputed matrix
> str(m.i)
List of 3
$ data     : num [1:22283, 1:20] 1942.1 40.1 72.1 4693.6 35.9 ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : chr [1:22283] "1007_s_at" "1053_at" "117_at" "121_at" ...
.. ..$ : chr [1:20] "GSM146778-Normal" "GSM146780-Normal" "GSM146782-Normal" "GSM146784-Normal" ...
$ rng.seed : num 3.62e+08
$ rng.state: int [1:626] 403 50 1992223309 -108730617 1600482030 698744776

Answer 1

看起来impute.knn函数返回一个列表，其中包含矩阵和有关插补的其他数据。尝试使用：

m.i$data[x,y]

当我通过impute.knn运行它时，Matrix变成了别的东西。

1 个答案: