Question

我有一个非常大的tsv文件，需要删除几个列。我找到了CSV模块，并在下面给出了一个类似问题的答案（参见下面的脚本）。但是我需要删除大量的列，并且不希望键入要删除的每列的每个索引。即从一个包含689513列的文件，我想删除列628715到650181，并删除列653321到689513.（如果删除两个集合太难了，我可以去除最后一个，即， 653321到689613，或等效的653321到文件的末尾）。对不起基本问题;我是脚本和丢失的新手......并且CSV模块页面没有详细说明删除列范围。我尝试在R中执行此操作但第一个单元格条目为空（请参阅下面的代码示例列表）。我的文件是一个tsv tab分隔文件，但我收集到的可以使用命令将分隔符设置为\ t来纠正。任何帮助是极大的赞赏！！！（注意：不幸的是，我需要在我的列的名称中包含冒号，即2L：1274完全是一列的名称）。

import csv
with open("source","rb") as source:
rdr= csv.reader( source )
with open("result","wb") as result:
    wtr= csv.writer( result )
    for r in rdr:
        wtr.writerow( (r[0], r[1], r[3], r[4]) )

2L:1274 2L:2425 2L:2853 3L:4    3L:5    3L:7
indivBCsusceptiblePL7A10_TATAGT NA  NA  NA  NA  NA  NA
indivBCsusceptiblePL7A11_CCTGAA NA  5   NA  NA  NA  NA
indivBCsusceptiblePL7A12_CAATAT NA  NA  6   7   8   9
indivBCsusceptiblePL7A1_CCGAAT  NA  NA  NA  NA  NA  NA

Answer 1

您可以使用del删除列表的切片。

with open('in.tsv', 'r') as fin, open('out.tsv', 'w') as fout:
    reader = csv.reader(fin, dialect='excel-tab')
    writer = csv.writer(fout, dialect='excel-tab')
    for row in reader:
        # delete indices in reverse order to avoid shifting earlier indices
        del row[653321:689513+1]
        del row[628715:650181+1]
        writer.writerow(row)

Answer 2

你可以用很少的内存使用Python来做到这一点。

首先定义一个描述你的tsv格式的方言。有关详细信息，请参阅the documentation on dialects。

class TsvDialect(csv.Dialect):
    delimiter = '\t'
    quoting = csv.QUOTE_NONE
    escapechar = None

# you can just pass this class around, or you can register it under a name
csv.register_dialect('tsv', TsvDialect)

然后，您可以浏览每一行并复制到新的tsv：

with open('source.tsv', 'rb') as src, open('result.tsv', 'wb') as res:
    csrc = csv.reader(src, dialect='tsv')
    cres = csv.writer(res, dialect='tsv')
    for row in csrc:
        cres.writerow(row)

这是一个简单的副本。由于您只需要一些行，因此只允许复制这些行。

Python的列表是零索引的（第一列是第0列，而不是第1列）;和索引切片不包括最后一项（wholelist[:2]与[wholelist[0], wholelist[1]]相同）。请记住这些，以避免出现错误！

with open('source.tsv', 'rb') as src, open('result.tsv', 'wb') as res:
    csrc = csv.reader(src, dialect='tsv')
    cres = csv.writer(res, dialect='tsv')
    for row in csrc:
        # remove [628714:650181] and [653320:689512]
        newrow = row[:628714] # columns before 628714
        newrow.extend(row[650181:653320]) # columns between 650180 and 653320
        cres.writerow(newrow)

或者，您可以删除不需要的列，而不是将所需的列复制到新行，而是以代码清晰度为代价来节省一些内存：

    for row in csrc:
        # remove [628714:650181] and [653320:689512]
        # be sure to remove in reverse order!
        del row[653320:689512]
        del row[628714:650181]
        cres.writerow(row)

如果您需要经常执行此操作，可以将列切割（任一方法，使用您熟悉的任何索引）抽象为函数。

您可能还想查看csvkit python library and command-line tools，特别是其命令行工具csvcut，它似乎可以完全按照您的要求从命令行执行。

Answer 3

使用2 GB或更多内存时，应该可以在内存中加载数据集，删除所需的列，并将内容写入文件。这可以在R或python中轻松完成。对于R：

dat = read.table("spam.tsv", ...)
dat = dat[-c(1,5)] # delete row 1 and 5
write.csv(dat, ....)

使用apply循环或for循环可以轻松地以块的形式完成此操作。我使用apply样式：

read_chunk = function(chunk_index, chunk_size, fname) {
    dat = read.table(fname, nrow = chunk_size, skip = (chunk_id - 1) * chunk_size, ...)
    dat = dat[-c(1,5)] # delete row 1 and 5
    write.csv(dat, append = TRUE, ....)    
}

tot_no_lines = 10000 # for example
chunk_size = 1000
sapply(1:(tot_no_lines / chunk_size), read_chunk)

请注意，这是R风格代码，可用作灵感，没有可用的R代码。

Answer 4

您可以动态构建输出行：

for r in rdr:
    outrow = []
    for i in range(0, 628714):
       outrow.append(r[i])
    for i in range(650181, 653320):
       outrow.append(r[i])
    wtr.writerow( outrow )

我想你可以用输入行r的切片更简洁地做到这一点，沿着以下几行：

 outrow = r[0:628714)
 outrow.extend(r[650181:653320)
 wrt.writerow( outrow )

执行速度可能不是最快，但写作肯定更容易。

Answer 5

你在Linux上吗？然后保存hazzle并使用shell中的csvtool：

 csvtool col 1-500,502-1000 input.csv > output.csv

您也可以设置分隔符等，只需输入csvtool --help即可。非常容易使用。

使用python（或perl等）从500 MB tsv文件中删除多个列

5 个答案: