我在找到基因本体术语的级别和类型的正确定义时遇到了问题。
我知道GO术语的类型与isA图形无关，而不考虑partOf关系。但是当我遇到以下情况时，我仍然感到困惑：
找到关卡时：
如果我有GO：123（假设它是根）指向GO：345和GO：567这两个链接中的isA关系。 此外，GO：345指向GO：567这一术语，具有partOf关系。
现在，GO的水平是多少：567？它是2因为根指向它吗？还是3因为根的儿子指着它？我应该如何在图表的级别和类型中处理这种情况？
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您提出的问题直接源于GO的语义。它是有向无环图（DAG），因此节点没有深度或水平的单一定义。如果您需要一个一致的定义，但可能不适合您的应用程序，您可以选择使用min（深度）或max（深度），这是您没有描述的。同样，图的边缘具有描述不同生物关系的不同属性（“是”，“部分”和“调节”）。
如何最好地处理这些属性取决于您要完成的任务或您希望对数据进行哪些查询。由于GO术语对基因的注释密度在不同生物和术语之间存在很大差异，因此您最好考虑衡量特定上下文中注释信息量的指标，而不是图中的“深度”。