Question

我有一个包含多个基因的字典。元组（zip（））给出每个位点的核苷酸。例如。（A，A，A），（T，T，G）等我试图计算每个位点的核苷酸数。这样站点1显示3个A，站点2显示2个T和1个G.当我运行我的代码时，它只添加到A而没有别的。

List = tuple(zip(*myDict.values()))

A = 0
T = 0
G = 0
C = 0

site = 0

for value in List:
    site +=1
    if 'A':
        A += 1
    elif 'T':
        T += 1
    elif 'G':
        G += 1
    else:
        C =+ 1

print 'Site:', site
print 'A:', A
print 'T:', T
print 'G:', G
print 'C:', C

Answer 1

您可以（再次），最好地使用collections.Counter()：

[Counter(site) for site in zip(*myDict.values())]

这将创建每个站点的基因计数列表。

演示：

>>> from collections import Counter
>>> myDict = {'abc':'AGCTAC', 'def': 'AGGTAC', 'ghi':'AGGTAG'}
>>> result = [Counter(site) for site in zip(*myDict.values())]
>>> result
[Counter({'A': 3}), Counter({'G': 3}), Counter({'G': 2, 'C': 1}), Counter({'T': 3}), Counter({'A': 3}), Counter({'C': 2, 'G': 1})]
>>> result[0]  # genes at site 0
Counter({'A': 3})
>>> result[2]  # genes at site 2
Counter({'G': 2, 'C': 1})

Answer 2

使用Counter()：

>>> from collections import Counter
>>> lis=[('A', 'A', 'A'), ('T', 'T', 'G')]
>>> Counter(y for x in lis for y in x)
Counter({'A': 3, 'T': 2, 'G': 1})

或者@Steven Rumbalski建议，使用itertools.chain()而不是生成器表达式：

>>> from itertools import chain
>>> Counter(chain(*lis))
Counter({'A': 3, 'T': 2, 'G': 1})

对于各个站点的单独计数器，请参阅Martijn Pieters的answer

Answer 3

ITYM

for value in List:
    site +=1
    if value == 'A':
        A += 1
    elif value == 'T':
        T += 1
    elif value == 'G':
        G += 1
    else:
        C +=1

但还有更好的方法;看到其他答案。

此外，你不能打电话给你的名单List;大写名称是为类保留的。 list也不好，因为它隐藏了内置的list()。

Answer 4

A = List.count("A")
B = List.count("C")
...

btw List是一个糟糕的变量名称

迭代元组来计算列表中的值

4 个答案: