Question

我确实有文字操作问题，我需要在awk，sed＆amp;外壳。
我的文字看起来像这样：

>Sample_1
    100                                                            101
    aaattattacaaaaataattacaaattattacaaaaagaattattacaaaaagaattacaaaa
-1.60   .(((((((.....)))))))...........................................  []
>Sample_2
    1                                35
    aattattacaaaaagaattattacaaaaagaatta
0.00    ...................................  _
>Sample_3
    1                                     123
    gctcacacctgtaatcccagcactttgggaggctgagg
-27.80  ((((.....))))......((((((.(((...))))))).)[][][[][]]
-26.40  (((((.((...(((((..((((((....)).........  [[][]][]
-25.80  ((((.....)))).....((((((...............  [][][][[][]]
    123                                  145
    ctgaggcaggcagatcacgaggtcacgagatcaa
-26.20  (((.....))))))  [][][[][]]
-25.90  ....((((..((....))  [][[][]]
-25.70  ..(((..((....))..(())  [[][]][[][]]
    145                                 256
    gtaatcccagcactttgggaggctgaggcaggcaga
0.00    ...........................................  _
    256                                 342
-25.00  ..((....((((.....((((((...)))....))...  [[][]]
-24.00  ..((.((((.((((())...  [[][][]]
-23.70  .((((((...(((((..((..  [[][]][]

我想：

提取样本名称（>Sample_1）;
提取样本名称后面的数值（它是0或负值）;
从负值组（例如-27.80;-26.40;-25.80）提取数字开始（这是最负值）。

完美的输出看起来像这样：

>Sample_1  
-1.60  
>Sample_2  
0.00  
>Sample_3  
-27.80  
-26.20  
0.00  
-25.00

我尝试在awk打印$ 1，grepping'＆gt;'，0＆amp;负值，但无法将列分成几组并且并提取最负面的价值。

awk '{print $1}' file | egrep -i '>|0.00|-'

Answer 1

您使用sed和awk标记了您的问题，但如果您是O.K.用Perl代替，你可以写：

#!/usr/bin/perl -w

use warnings;
use strict;

my $min = undef;

while(<>)
{
  if(m/^(-?\d+\.\d+)/)
  {
    if(! defined($min) || $1 < $min)
      { $min = $1; }
  }
  else
  {
    if(defined $min)
    {
      print "$min\n";
      $min = undef;
    }
    if(m/^>/)
      { print; }
  }
}

if(defined $min)
  { print "$min\n"; }

Answer 2

awk '/^[0-]/ && new_group {print $1} {new_group = (/^[ \t]/)} /^>/' file

Awk＆amp; sed文本操作（从特定组中提取最负值）

2 个答案: