Question

只有当我通过rpy2从用户定义的函数调用lrtest（来自lmtest包）时才会出现错误。

R：

continuous.test <- function(dat) {
  require('lmtest')
  options(warn=-1)
  model <- lm(formula='pheno ~ .', data=dat)
  anova <- lrtest(model,'interaction')
  pval  <- anova$"Pr(>Chisq)"[2]
}

当我从R解释器调用此函数时，一切都正常运行。但是，从以下python代码片段调用时收到错误。注意，这个特殊的python文件会成功地对rpy2进行许多其他调用。

的Python：

...
kway_dat = R.DataFrame(dataframe) # this is a valid dataframe, it's used in other calls.
...
R.r("source('/path/to/user/defined/file/perm_test.r')")
continuous_test = R.r['continuous.test']
pval = continuous_test(kway_dat)

错误：

Error in is.data.frame(data) : object 'dat' not found
Traceback (most recent call last):
  File "./test_r_.py", line 83, in <module>
    pval = continuous_test(kway_dat)
  File "/usr/lib/python2.6/site-packages/rpy2-2.2.6dev_20120806-py2.6-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 82, in __call__
    return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
  File "/usr/lib/python2.6/site-packages/rpy2-2.2.6dev_20120806-py2.6-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 34, in __call__
    res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in is.data.frame(data) : object 'dat' not found

故障排除：

我测试了R中的代码，一切正常。
我已经将数据帧从python传递到R到rpy2并从R函数调用is.data.frame（dat），它返回true，因此问题在于lmtest或lrtest + rpy2。

任何帮助都会很棒。谢谢大家！

Answer 1

提供一个自包含的示例会更容易（因此可以准确再现您正在经历的内容）。

可能的答案仍然是：您可能想要检查文件的内容 /path/to/user/defined/file/perm_test.r真的是你的想法。

我还为一个自包含的示例添加了一个存根：

r_code = """
  require('lmtest')
  options(warn=-1)
  continuous.test <- function(dat) {
    model <- lm(formula='pheno ~ .', data=dat)
    anova <- lmtest::lrtest(model,'interaction')
    pval  <- anova$"Pr(>Chisq)"[2]
  }
"""

from rpy2.robjects import packages
my_r_pack = packages.SignatureTranslatedAnonymousPackage(r_code, "my_r_pack")

# [build a demo kway_dat here]

my_r_pack.continuous_test(kway_dat)

Answer 2

找到答案

问题是lrtest内部调用更新模型。一旦进入lrtest，dat就超出了范围。通过手动更新模型并使用lrtest的替代调用lrtest（model0，model1），完全避免了问题。

感谢Achim Zeileis非常及时地回复。

当数据通过rpy2传递时，lmtest / lrtest会抛出data.frame错误

2 个答案: