Question

我是新手R，我想问下面的问题。

我有一组包含2列的data.frames，我想在每次都不输入data.frame的名称的情况下将函数应用于eac data.frame，即：

data.frames将是：a，b，c，d，.........每个data.frame有2列，不同的行长：

 a[1:4]
V1         V2
1   877.0578   609.0308
2   989.5682   160.1206
3  1049.5844   143.2906
4  1111.5798   214.5290

我想将以下函数应用于每个data.frame，这是我想要应用的功能

  as.MassPeaks <- function(x) {return(createMassPeaks(mass=mass(x), intensity=intensity(x),metaData=metaData(x)))}

我有一个包含所有data.frame名称的向量（名称）我尝试过以下代码但是没有用

 for(i in length(names)){
    assign(i, createMassPeaks(mass=i[, 1], intensity=i[, 2]))
    }

然而，当我尝试使用单个data.frame时，它可以正常工作

 p <- createMassPeask(mass=a[,1], intensity=[, 2])

Answer 1

您希望将数据框放入列表中，然后使用lapply创建一个列表：

data.frames = list(a, b, c, d)
mass.peaks.each = lapply(data.frames, as.MassPeaks)

现在mass.peaks.each是每个结果的列表。

顺便说一句，我认为您希望将as.MassPeaks更改为：

  as.MassPeaks <- function(x) {return(createMassPeaks(mass=mass(x[, 1]), intensity=intensity(x[, 2]),metaData=metaData(x)))}

Answer 2

您的for失败，因为您忘记使用get功能

library(MALDIquant)  # You should write what package is used

`Names <- c('a', 'b','c')` # this a vector of names

for(i in Names){
  assign(i, createMassPeaks(mass=get(i)[, 1], intensity=get(i)[, 2]))
}

此循环应该有效。我们来试试吧

set.seed(001)
a <- data.frame(V1=rnorm(50, 1000, 50), V2=rnorm(50, 1000, 50))
b <- data.frame(V1=rnorm(50, 1000, 50), V2=rnorm(50, 1000, 50))
c <- data.frame(V1=rnorm(50, 1000, 50), V2=rnorm(50, 1000, 50))

结果如下：

> a
S4 class type            : MassPeaks           
Number of m/z values     : 50                  
Range of m/z values      : 889.265 - 1079.764  
Range of intensity values: 9.098e+02 - 1.12e+03
> b
S4 class type            : MassPeaks            
Number of m/z values     : 50                   
Range of m/z values      : 904.282 - 1104.358   
Range of intensity values: 9.256e+02 - 1.115e+03
> c
S4 class type            : MassPeaks            
Number of m/z values     : 50                   
Range of m/z values      : 855.554 - 1124.883   
Range of intensity values: 8.798e+02 - 1.132e+03

尽管这个for循环效果很好，但@David Robinson的回答是最好的。我想再说一件事，我认为你的功能应该是这样的：

as.MassPeaks <- function(x) {
  return(createMassPeaks(mass=x[, 1], 
                         intensity=x[, 2],
                         metaData=x))}

mass=x[, 1]有效但mass=mass(x[, 1])不起作用，instensity和metaData相同。然后使用David Robinson的方法，你应该得到：

lapply(list(a,b,c), as.MassPeaks)
[[1]]
S4 class type            : MassPeaks           
Number of m/z values     : 50                  
Range of m/z values      : 889.265 - 1079.764  
Range of intensity values: 9.098e+02 - 1.12e+03

[[2]]
S4 class type            : MassPeaks            
Number of m/z values     : 50                   
Range of m/z values      : 904.282 - 1104.358   
Range of intensity values: 9.256e+02 - 1.115e+03

[[3]]
S4 class type            : MassPeaks            
Number of m/z values     : 50                   
Range of m/z values      : 855.554 - 1124.883   
Range of intensity values: 8.798e+02 - 1.132e+03

将函数应用于R中的不同data.frames

2 个答案: