Question

我有一个文本文件，如下所示：

entrez*gene/locuslink:"BRCA2(IV)"|entrez*gene/locuslink:At4g00020@entrez*gene/locuslink:RAD51|entrez*gene /locuslink:At5g20850@
entrez*gene/locuslink:"BRCA2(IV)"|entrez*gene/locuslink:At4g00020@entrez*gene/locuslink:DMC1|entrez*gene/locuslink:At3g22880@

我希望在unix中使用perl提取：和@ separators之间的单词输出应该是：

At4g00020  At5g20850
At4g00020  At3g22880

我做了：

perl -l -ne '/:["At"]([^@]*)/ and print($1,"\t",$2)

没有成功在此先感谢您的帮助

汤姆。

Answer 1

你的正则表达式有一些问题。

首先，[...]表示与括号内的一个字符匹配的字符类。这意味着["At"]将匹配其中一个字符'''，'A'或't'。省略括号和双引号..

其次，您想要收集多个匹配项。这可以通过在列表上下文中使用/ g修饰符来完成：

perl -lne '@result = /:At([^@]*)/g; print join("\t", @result)'

最后，根据预期的输出，您还需要捕获At：

perl -lne '@result = /:(At[^@]*)/g; print join("\t", @result)'

Answer 2

尝试这样的事情：

perl -l -ne '/:(?=At)([^@]*)/ and print($1,"\t",$2)'

Answer 3

这对我有用：

perl -l -ne '/:([^:@]*)@.*:([^:@]*)@/ and print($1,"\t",$2)'

搜索:，不带分隔符的字符串，@将其关闭。

perl regex - 提取2个分隔符之间的单词

3 个答案: