我通常在Linux(手动)中执行Fortran文件:
ifort xxx.for -o xxx && ./xxx
(其中'xxx.for'是我的Fortran文件,'xxx'是Fortran可执行文件)但我需要从python(我是初学者)调用我的fortran文件(xxx.for),所以我使用subprocess
使用以下命令:
cmd = ["ssh", sshConnect, "cd %s;"%(workDir), Fortrancmd %s jobname "%s -o %s" exeFilename "%s && %s ./ %s%s"%(exeFilename)]
但是我得到了一个错误,我不确定是什么问题。这是完整的代码:
import string
import subprocess as subProc
from subprocess import Popen as ProcOpen
from subprocess import PIPE
import numpy
import subprocess
userID = "pear"
serverName = "say4"
workDir = "/home/pear/2/W/fortran/"
Fortrancmd = "ifort"
jobname = "rad.for"
exeFilename = "rad"
sshConnect=userID+"@"+servername
cmd=["ssh", sshConnect, "cd %s;"%(workDir), Fortrancmd %s jobname "%s -o %s" exeFilename "%s && %s ./ %s%s"%(exeFilename)]
**#command to execute fortran files in Linux
**#ifort <filename>.for -o <filename> && ./<filename> (press enter)
**#example:ifort xxx.for -o xxx && ./xxx (press enter)
print cmd
如何编写一个执行上述所有3个步骤的python程序并避免我遇到的错误?
答案 0 :(得分:3)
有一些语法错误......
原:
cmd=["ssh", sshConnect, "cd %s;"%(workDir), Fortrancmd %s jobname "%s -o %s" exeFilename "%s && %s ./ %s%s"%(exeFilename)]
我认为你的意思是:
cmd = [
"ssh",
sshConnect,
"cd %s;" % (workDir,),
"%s %s -o %s && ./%s" % (Fortrancmd, jobname, exeFilename, exeFilename)
]
一些注意事项:
PS - 为了便于阅读,将长列表分成多行通常是个好主意:)
我建议查看this stackoverflow thread for ssh而不是使用子流程
答案 1 :(得分:2)
对于手动部分,您可能需要查看pexpect或Windows wexpect。这些允许您在交互条件下执行子进程并传递输入。
然而,你所做的大部分内容听起来都像是在shell脚本中运行良好。为简单起见,您可以在服务器端为服务器端操作创建一个shell脚本,然后在ssh语句中插入路径:
ssh user@host "/path/to/script.sh"
答案 2 :(得分:1)
一个错误:
你的args列表中有一个不带引号的%s,所以你的字符串格式化会失败。
答案 3 :(得分:1)
这是一个使用子进程模块通过ssh运行远程命令的完整示例(在这种情况下是一个简单的回声)并获取结果,希望它有所帮助:
>>> import subprocess
>>> proc = subprocess.Popen(("ssh", "remoteuser@host", "echo", "1"), stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
>>> stdout, stderr = proc.communicate()
在这种情况下返回:('1 \ n','')
请注意,要在不需要密码的情况下使其正常工作,您可能需要将本地用户的公钥添加到远程计算机上的~remoteuser / .ssh / authorized_keys。
答案 4 :(得分:1)
您可以使用fabric执行第1步和第2步。 这是基本的想法:
from fabric.api import *
env.hosts = ['host']
dir = '/home/...'
def compile(file):
with cd(dir):
run("ifort %s.for -o %s" %(file,file))
run("./%s > stdout.txt" % file)
fab compile:filename
答案 5 :(得分:0)
你必须使用python吗?
ssh user @ host“command”