python子进程

Question

我通常在Linux（手动）中执行Fortran文件：

1. 连接到服务器
2. 转到特定文件夹
3. ifort xxx.for -o xxx && ./xxx（其中'xxx.for'是我的Fortran文件，'xxx'是Fortran可执行文件）

但我需要从python（我是初学者）调用我的fortran文件（xxx.for），所以我使用subprocess使用以下命令：

cmd = ["ssh", sshConnect, "cd %s;"%(workDir), Fortrancmd %s jobname "%s -o  %s" exeFilename "%s && %s ./ %s%s"%(exeFilename)]

但是我得到了一个错误，我不确定是什么问题。这是完整的代码：

import string
import subprocess as subProc
from subprocess import Popen as ProcOpen
from subprocess import PIPE
import numpy
import subprocess

userID = "pear"
serverName = "say4"
workDir = "/home/pear/2/W/fortran/"
Fortrancmd = "ifort"
jobname = "rad.for"
exeFilename = "rad"

sshConnect=userID+"@"+servername

cmd=["ssh", sshConnect, "cd %s;"%(workDir), Fortrancmd %s jobname "%s -o  %s" exeFilename "%s && %s ./ %s%s"%(exeFilename)]

**#command to execute fortran files in Linux
**#ifort <filename>.for -o <filename> && ./<filename> (press enter)

**#example:ifort xxx.for -o xxx && ./xxx (press enter)

print cmd

如何编写一个执行上述所有3个步骤的python程序并避免我遇到的错误？

Answer 1

有一些语法错误......

原：

cmd=["ssh", sshConnect, "cd %s;"%(workDir), Fortrancmd %s jobname "%s -o  %s" exeFilename "%s && %s ./ %s%s"%(exeFilename)]

我认为你的意思是：

cmd = [
      "ssh",
      sshConnect,
      "cd %s;" % (workDir,),
      "%s %s -o  %s && ./%s" % (Fortrancmd, jobname, exeFilename, exeFilename)
      ]

一些注意事项：

• 一个元素的元组在第一个参数的末尾需要一个逗号，请将（workDir，）解释为一个元组（与简单的操作顺序parens相比）
• 使用单个字符串格式操作构建fortan命令可能更容易

PS - 为了便于阅读，将长列表分成多行通常是个好主意：）

我的建议

我建议查看this stackoverflow thread for ssh而不是使用子流程

Answer 2

对于手动部分，您可能需要查看pexpect或Windows wexpect。这些允许您在交互条件下执行子进程并传递输入。

然而，你所做的大部分内容听起来都像是在shell脚本中运行良好。为简单起见，您可以在服务器端为服务器端操作创建一个shell脚本，然后在ssh语句中插入路径：

ssh user@host "/path/to/script.sh"

Answer 3

一个错误：
你的args列表中有一个不带引号的％s，所以你的字符串格式化会失败。

Answer 4

这是一个使用子进程模块通过ssh运行远程命令的完整示例（在这种情况下是一个简单的回声）并获取结果，希望它有所帮助：

>>> import subprocess
>>> proc = subprocess.Popen(("ssh", "remoteuser@host", "echo", "1"), stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
>>> stdout, stderr = proc.communicate()

在这种情况下返回：（'1 \ n'，''）

请注意，要在不需要密码的情况下使其正常工作，您可能需要将本地用户的公钥添加到远程计算机上的~remoteuser / .ssh / authorized_keys。

Answer 5

您可以使用fabric执行第1步和第2步。 这是基本的想法：

from fabric.api import *
env.hosts = ['host']
dir = '/home/...'

def compile(file):
     with cd(dir):
         run("ifort %s.for -o %s" %(file,file))
         run("./%s > stdout.txt" % file)

• 创建fabfile.py
• 您运行fab compile:filename

Answer 6

你必须使用python吗？

ssh user @ host“command”