Golub白血病数据集：HUGO符号（或其他）的Affy ID

Question

我很难将Affy ID转换为其他一些标准符号以便进一步处理： 我正在使用的数据是白血病数据集（Golub等，1999）。 我使用从Bioconductor项目中检索到的golubEsets数据集。

我试过这个教程（http://faculty.washington.edu/kenrice/sisg/sisg-sea09-09.pdf） 与

# library for annotation
library("annotate")
library("hgu95av2.db")
library("GO.db")
#library for golub data set
library(golubEsets)
data(Golub_Merge)
geneids <- featureNames(Golub_Merge)
# retrieve something usefull (e.g. gene name)
mget(geneids, hgu95av2GENENAME)

这会产生许多错误，因为在数据库中找不到Golub数据集中的大多数Affy id。特别是对于这个数据集，我在哪里可以找到一些标准符号（HUGO？） - 因为我需要它们进行进一步的分析。

谢谢！

Answer 1

Golub数据集不是从hgu95av2 affymetrix芯片生成的。它使用了较旧的hu6800。

只需在R命令行输入Golub_Merge即可获得摘要信息，并将Annotation字段列为“Annotation：hu6800”

有关正确的注释库，请参阅http://bioconductor.org/packages/2.6/data/annotation/html/hu6800.db.html。