Question

我已经嵌套了for循环，如下所示。我需要p：q = 1：300，n = 20。功能“标记”是我感兴趣的模型（包RMark）。我知道rbind可能很慢，但我不知道应该用什么来代替它。否则我还能做些什么才能让这个功能更快？感谢。

foo<-function(data, p, q, n){
results.frame <- data.frame()
for (i in 1:n){
    for (i in p:q) {
        run.model<-mark(data[sample(nrow(data), i),], model="Occupancy")       
        results<-data.frame(summary(run.model)$real$p, Occupancy=summary(run.model)$real$Psi, se.p=t(as.matrix(summary(run.model, se=T)$real$p$se)), se.Psi=summary(run.model, se=T)$real$Psi$se, stations=i)
        results.frame<-rbind(results.frame, results)
        } 
    }
write.table(results.frame, "C:\\RWorkspace\\simulation_results.txt")
return(results.frame)
}

Answer 1

是的，rbind可能很慢;更快的事情通常是使矩阵的尺寸合适，并适当填充。填充矩阵而不是数据帧通常也更快。

然而，根据你指出的大小，我会怀疑mark正在减慢功能的速度，你不会通过这样做得到明显的加速。通过在run.model中存储单个结果，然后在循环中注释该行，可以很容易地测试它;这会告诉你它花了多少时间来存储结果。（你也可以“分析”这个功能，但这会更简单。）

编辑：我其实是错的;你指出的大小足够大，rbind很可能导致问题。在我的系统上，它相当快且具有相当大的内存量，使用rbind的数据帧需要7.73秒到n=20，n=1只需0.09秒，所以很明显一些内存搅动正在发生。至于加速，使用n=20，rbind矩阵只需1.00秒，填充它需要0.033秒。

foo <- function(data, p, q, n){
  # make a single results line; remove this line when you put in your code 
  results <- c(1, Occupancy=2, se.p=3, se.Psi=4, stations=5)
  # make the matrix the right size to start with
  results.frame <- matrix(ncol=5, nrow=(q-p+1)*n)
  for (i in 1:n){
    for (j in p:q) {
      # get results here; commented out to show loop speed only
      # put in your actual code here instead
      results.frame[ 1+(i-1)*(q-p+1)+(j-p), ] <- results
    } 
  }
  # get the names right by taking the names from the last time through the loop
  colnames(results.frame) <- names(results)
  results.frame
}

如何在R中方便嵌套for循环？

1 个答案: