Question

我正在尝试使用Perl将重复的行组合起来，运气不佳。我的制表符分隔文本文件的结构如下（为了便于阅读而添加了空格）：

Pentamer  Probability Observed Length
ATGCA    0.008        1        16
TGTAC    0.021        1        16
GGCAT    0.008        1        16
CAGTG    0.004        1        16
ATGCA    0.016        2        23
TGTAC    0.007        1        23

我希望通过添加三个数字列来组合重复的行，因此包含“ATGCA”的行现在看起来像这样：

ATGCA  0.024 3 39

任何想法/帮助/建议将不胜感激！谢谢！

Answer 1

#!/usr/bin/perl

use warnings;
use strict;

my %hash;
while(<>) {
  my @v = split(/\s+/);
  if (defined $hash{$v[0]}) {
    my $arr = $hash{$v[0]};
    $hash{$v[0]} = [$v[0], $arr->[1] + $v[1], 
                   $arr->[2] + $v[2], $arr->[3] + $v[3]];
  } else {
    $hash{$v[0]} = [@v];
  }
}
foreach my $key (keys %hash) {
  print join(" ", @{$hash{$key}}), "\n";
}

Answer 2

这是另一种选择：

use Modern::Perl;

my %hash;

while ( my $line = <DATA> ) {
    my @vals = split /\s+/, $line;
    $hash{ $vals[0] }->[$_] += $vals[ $_ + 1 ] for 0 .. 2;
}

say join "\t", $_, @{ $hash{$_} } for sort keys %hash;

__DATA__
ATGCA   0.008   1   16
TGTAC   0.021   1   16
GGCAT   0.008   1   16
CAGTG   0.004   1   16
ATGCA   0.016   2   23
TGTAC   0.007   1   23

输出：

ATGCA   0.024   3   39
CAGTG   0.004   1   16
GGCAT   0.008   1   16
TGTAC   0.028   2   39

将txt文件中的重复行与perl结合使用

2 个答案: