Question

一些背景知识：

我必须经常使用包HMR中的函数HMR。不幸的是，这个功能非常慢。（HMR本质上是一个拟合函数，它被设计为尽可能健壮，这是缺乏效率的一个原因。）函数HMR调用函数HMR::.HMR.fit1，它执行实际拟合。使用Rprof我知道关于效率的主要问题是lsfit的使用，它被大量调用。因此，我修改了.HMR.fit1的代码，直接调用lsfit使用的C函数，而没有lsfit的所有开销，这将导致显着的速度增益。

现在我想用HMR::.HMR.fit1替换我的修改后的函数并测试HMR是否会得到相同的结果以及我获得多少速度。

我试着这样做：

mod.fun <- function(<many args>) {
 <a lot of code>
}
environment(mod.fun) <- environment(.HMR.fit1)
.HMR.fit1 <- mod.fun

但是，HMR::.HMR.fit1不会因此而改变，显然HMR::HMR不使用我修改的拟合函数。有没有办法实现我想要的，而无需从源代码构建软件包，由于我的（Windows）计算机上的用户权限限制，我无法做到这一点？

现在，我的解决方案是复制HMR::HMR的代码，但我希望有一个更方便的解决方案。

Answer 1

尝试

?assignInNamespace

将.HMR.fit1包中的HMR替换为您的版本。

可能重复：

How do I override a non-visible function in the package namespace?

Answer 2

对于快速测试，您可以使用trace函数和edit=TRUE来修改函数，这将在适当的命名空间中进行替换，并允许您使用untrace还原功能回到原来的。这些变化不会超出当前会话。

更改包的内部功能

2 个答案: