Question

我正致力于催化剂设计数据库的前端。我是perl和催化剂的新手。我在控制器中遇到一个错误。

我想从一个表中获取基因名称，并将每个基因名称传递给子程序gene_name（调用子程序gene_name），该子程序将执行某些功能。我有些人如何使用基因名称获取列，但它们是以对其他表的哈希引用的形式。我对gene_name的调用无效。

知道如何将值传递给子程序而不是引用？我的代码如下：

my @gene_list = $c->model('Gene::GeneTable')->search({      
},{
                column =>[qw/symbol/],
}
);
foreach my $gene (@gene_list){
push @gene_aliases, &gene_name($gene);
}

执行代码后我得到的错误如下：

DBIx::Class::ResultSet::find(): Can't bind a reference (MyApp::Model::Gene::GeneTable=HASH(0x7ff6d88b7c58))

已更新

我的gene_name（）子程序在我已包含在控制器中的另一个模块中。现在我已经更改了for循环（在控制器中），如下所示，目前它正在将基因名称传递给gene_name（）以获取别名（但查询保持不变）：

foreach my $gene (@gene_list){
push @gene_aliases, &gene_name($gene-> symbol);
}

我正在访问视图文件中的@gene_aliases，如下所示：

[% FOREACH g in gene_aliases -%]
[% g %]
[% END -%]

上面的代码是在页面中获取哈希引用而不是名称。我无法在网页上显示基因名称。如果我在for循环中给出[％g.symbol％]，那么页面将为空，没有错误消息。希望这是回答我的问题的足够信息。如果没有，我会详细说明。

我的SQL查询如下：

Select Symbol from GeneTable;

提前致谢

UPDATED2

由于我不是全职程序员，我在博客上提出这些问题。请帮我解决我的问题。如果我有来自用户的基因名称的搜索表单，并且该基因名称必须传递给gene_name（）子程序，我该如何传递（到控制器以及如何调用gene_name（））。请帮我解决这个问题。我在view.tt中的表格如下：

<form method="post" action "[% c.uri_for('/gene')%]">
<input type="text" name="search_alias">
<input type="submit" name="alias_search" value="Search">
</form>

我的所有别名都在名为Alias的另一个表中，该表已在gene_name（）子例程中使用。

Answer 1

gene_name()函数需要期望传递给它的GeneTable对象，或者你会这样调用它：gene_name($gene->symbol)。

话虽如此，根据您提供的有限信息，控制器看起来并不适合这样做。

将gene_name作为Gene::GeneTable本身的方法会更有意义，即：

package GeneTable;

...

sub gene_name {
    my $self = shift;
    my $gene_name = ... # do something with $self->symbol
    $gene_name
}

...

这样->gene_name方法可用于任何上下文中的任何GeneTable对象。

OP的最初两条评论后

更新

听起来像gene_name()（可能应该称为gene_aliases()）是Gene对象的方法。将这样的转换转换为控制器并不符合良好的MVC理念。

大概你在某处有模型代码 - MyApp / Model / Gene /最有可能 - 这个sub应该存在于Gene/GeneTable.pm中。然后你可以这样使用它：

[%- FOREACH g IN gene_list -%]
    [% g.symbol %]<br/><ul>
    [%- FOREACH gn IN g.gene_name -%]
    <li>[% gn %]</li>
    [%- END -%]
    </ul>
[%- END -%]

在您的模板中，以及您拥有GeneTable对象或其集合的任何其他位置。

更新＃2 关注更新的问题

当你在列表上下文中调用时，

DBIx:Class将返回一个对象数组。也许您需要添加一些Data::Dumper->Dumper()调用来处理每个步骤返回给您的内容。

我建议您在致电->search()后立即添加以下行：

$c->log->debug("gene_list contains: ", Data::Dumper->Dumper(\@gene_list));

...并且可能在您填充之后对@gene_aliases进行等效调试。

这可能会让您更清楚地了解您从搜索中获得的内容，但我猜测您正在获取Gene::GeneTable个对象。

从Catalyst Controller调用子例程

1 个答案: