Affymetrix自定义CDF分段错误

Question

我正在使用以下CDF文件作为Brachypodium dystachion的Affymetrix芯片。显然，它遵循Affymetrix CDF specification

的所有规则

http://giorgilab.org/BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf

然而，当我尝试用它创建一个customcdf环境时，使用R和Bioconductor包 makecdfenv

  

库（makecdfenv）   make.cdf.package（ “BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf”，物种= “Brachypodium_dystachion”）

我收到以下错误：

  

阅读CDF文件。

     

*捕获了段错* 地址0x1，导致“内存未映射”

     

回溯：1：.Call（“readCDFfile”，as.character（file），as.integer（3），   as.integer（compress），PACKAGE =“makecdfenv”）2：   read.cdffile（file.path（path.expand（cdf.path），filename），compress =   压缩）3：make.cdf.env（filename，cdf.path = cdf.path，compress =   compress，return.env.only = FALSE）4：   make.cdf.package（“BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf”，species =   “Brachypodium_dystachion”）

输入的CDF文件中是否有任何错误？我完全不解，因为我不知道如何解释这个分段错误，也不知道如何将其跟踪到特定问题。使用 affxparser Bioconductor包时会发生类似情况，所以它必须是CDF字段的问题（而不是包的问题）。

非常感谢！ ： - ）

费德里科

Answer 1

函数make.cdf.package()仅适用于二进制cdf。您需要使用affxparser::convertCdf()转换cdf，然后才能创建包。

Answer 2

make.cdf.package（）函数不需要二进制cdf，因此没有理由进行测试。

我昨天看了这个，这个cdf没有任何明显的错误，所以简单地转换为二进制修复它很好。