获得R中分布最均匀的条目

时间:2012-08-23 14:53:11

标签: r bioinformatics

我的问题如下:
我在R中得到一个data.frame,它包含坐标,例如

SNP1  chr1  123456  
SNP2  chr1  156895  
SNP3  chr1  550000  
...

现在我想指定一个区域(例如chr1:100000-500000)和一些SNP s(n)并找到n SNP个该区域内分布最均匀的区域。

我有一个脚本可以将区域划分为n-1个片段,并选择最接近片段边界的SNP。它还可以排除两次命名的SNP并获得下一个最接近的SNP但仍然可能有一个更好的解决方案来选择它们均匀分布(可能通过某种方式最大化它们之间的总距离但总数SNP的数量是多少?)。

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