当数组具有不同的长度字符串时,记录数组上的numpy.concatenate失败

时间:2012-08-23 11:16:29

标签: python numpy

当尝试连接具有dtype字符串但具有不同长度的字段的记录数组时,连接失败。

正如您在下面的示例中所看到的,如果'f1'长度相同但是失败则连接有效,如果没有。

In [1]: import numpy as np

In [2]: a = np.core.records.fromarrays( ([1,2], ["one","two"]) )

In [3]: b = np.core.records.fromarrays( ([3,4,5], ["three","four","three"]) )

In [4]: c = np.core.records.fromarrays( ([6], ["six"]) )

In [5]: np.concatenate( (a,c) )
Out[5]: 
array([(1, 'one'), (2, 'two'), (6, 'six')], 
      dtype=[('f0', '<i8'), ('f1', '|S3')])

In [6]: np.concatenate( (a,b) )
---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)

/u/jegannas/<ipython console> in <module>()

TypeError: expected a readable buffer object

但是,如果我们只是连接数组(而不是记录),它会成功,尽管字符串的大小不同。

In [8]: np.concatenate( (a['f1'], b['f1']) )
Out[8]: 
array(['one', 'two', 'three', 'four', 'three'], 
      dtype='|S5')

这是连接记录时连接的错误还是预期的行为。我只想通过以下方法来克服这个问题。

In [10]: np.concatenate( (a.astype(b.dtype), b) )
Out[10]: 
array([(1, 'one'), (2, 'two'), (3, 'three'), (4, 'four'), (5, 'three')], 
      dtype=[('f0', '<i8'), ('f1', '|S5')]

但问题是我必须经历所有重组,我连接并找到最大的字符串长度,我必须使用它。如果我在记录数组中有多个字符串列,我还需要跟踪其他一些事项。

你认为什么是解决这个问题的最好方法,至少目前是什么?

3 个答案:

答案 0 :(得分:6)

发表完整的答案。正如Pierre GM所建议的那样:

import numpy.lib.recfunctions

给出一个解决方案。然而,执行您想要的功能是:

numpy.lib.recfunctions.stack_arrays((a,b), autoconvert=True, usemask=False)

usemask=False只是为了避免创建一个你可能没有使用的蒙面数组。重要的是autoconvert=True强制转换a的{​​{1} } dtype"|S3")。

答案 1 :(得分:2)

如果您未指定dtype,np.rec.fromarrays(又名np.core.records.fromarrays)会尝试为您猜测dtype。因此,

In [4]: a = np.core.records.fromarrays( ([1,2], ["one","two"]) )

In [5]: a
Out[5]: 
rec.array([(1, 'one'), (2, 'two')], 
      dtype=[('f0', '<i4'), ('f1', '|S3')])

注意f1列的dtype是一个3字节的字符串。

您无法连接np.concatenate( (a,b) ),因为numpy看到ab的dtypes不同,并且不会更改较小字符串的dtype以匹配较大的字符串。< / p>

如果您知道可用于所有数组的最大字符串大小,则可以从头开始指定dtype:

In [9]: a = np.rec.fromarrays( ([1,2], ["one","two"]), dtype = [('f0', '<i4'), ('f1', '|S8')])

In [10]: b = np.core.records.fromarrays( ([3,4,5], ["three","four","three"]), dtype = [('f0', '<i4'), ('f1', '|S8')])

然后连接将按预期工作:

In [11]: np.concatenate( (a,b))
Out[11]: 
array([(1, 'one'), (2, 'two'), (3, 'three'), (4, 'four'), (5, 'three')], 
      dtype=[('f0', '<i4'), ('f1', '|S8')])

如果您事先不知道字符串的最大长度,可以将dtype指定为“object”:

In [35]: a = np.core.records.fromarrays( ([1,2], ["one","two"]), dtype = [('f0', '<i4'), ('f1', 'object')])

In [36]: b = np.core.records.fromarrays( ([3,4,5], ["three","four","three"]), dtype = [('f0', '<i4'), ('f1', 'object')])

In [37]: np.concatenate( (a,b))
Out[37]: 
array([(1, 'one'), (2, 'two'), (3, 'three'), (4, 'four'), (5, 'three')], 
      dtype=[('f0', '<i4'), ('f1', '|O4')])

这不会像'|Sn'的dtype那样节省空间(对于某些整数n),但至少它会允许您执行concatenate操作。

答案 2 :(得分:2)

numpy.lib.recfunctions.merge_arrays能为你效力吗? recfunctions是一个鲜为人知的子包,没有广告,它有点笨拙但有时可能有用。