Question

我正在研究生物信息学项目并试图在python 2.7中运行名为pycogent的模块。我的目标是从一个由对齐的16s Fastq序列组成的文件中创建一个祖先序列。

我的python代码如下：

from cogent import LoadSeqs
aln = LoadSeqs('FullStrep.fasta')
lf.setAlignment(aln)
lf.optimise(show_progress=False, local=True)
ancestors = lf.likelyAncestralSeqs()
print ancestors

但是，我收到以下错误消息。

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/paulfryling/Desktop/Mypythonproj/pycogentancestor", line 1, in <module>
    from cogent import LoadSeqs
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/cogent/__init__.py", line 5, in <module>
    import numpy
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
    import add_newdocs
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module>
    from type_check import *
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module>
    import numpy.core.numeric as _nx
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module>
    import multiarray
ImportError: dlopen(/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/multiarray.so, 2): no suitable image found.  Did find:
    /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/multiarray.so: no matching architecture in universal wrapper
>>>

任何帮助或指示都会非常感激。

最诚挚的问候，

保

Answer 1

你遇到的问题是你没有PyCogent的一些依赖，而且它有很多，但是如果你有以下三个，你将能够使用几乎所有的东西。

您需要做的第一件事就是安装Python **，因为您在Mac OS X中选择您正在使用的当前操作系统版本：

32-bit version for: Panther (10.3), Tiger (10.4), Leopard (10.5) or Snow Leopard (10.6)。
64-bit version for: Snow Leopard (10.6), Lion (10.7) or Mountain Lion (10.8)。

接下来你需要的是NumPy，您可以从这里下载类似的内容：

接下来，您需要安装Matplotlib：

完成所有这些操作后，您需要安装PyCogent库，以便执行此操作：

将此file下载并解压缩到您的计算机中。
从终端转到下载此文件的文件夹，在PyCogent文件夹中，运行以下命令：

python setup.py build
sudo python setup.py install

这应该就是全部。

如果需要，您可以安装optional installs。

**虽然您的计算机中可能安装了一个Python，但最好确保您拥有Python.org中的Python，因为它也可以与PyCogent的另一个依赖项Matplotlib兼容。

如何在python 2.7中使用pycogent创建祖先序列？

1 个答案: