在处理大型代码库时,使用相对路径获取文件非常有用。其他编程语言具有明确定义的机制,用于使用相对于所源文件的目录的路径来获取文件。一个例子是Ruby的require_relative
。在R中实施相对路径采购的好方法是什么?
以下是我使用各种食谱和R论坛帖子拼凑的一段时间。它对于我的直接开发来说效果很好,但并不健全。例如,当文件通过testthat
库加载时会中断,特别是auto_test()
。 rscript_stack()
会返回character(0)
。
# Returns the stack of RScript files
rscript_stack <- function() {
Filter(Negate(is.null), lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile))
}
# Returns the current RScript file path
rscript_current <- function() {
stack <- rscript_stack()
r <- as.character(stack[length(stack)])
first_char <- substring(r, 1, 1)
if (first_char != '~' && first_char != .Platform$file.sep) {
r <- file.path(getwd(), r)
}
r
}
# Sources relative to the current script
source_relative <- function(relative_path, ...) {
source(file.path(dirname(rscript_current()), relative_path), ...)
}
您知道更好的source_relative
实施吗?
答案 0 :(得分:68)
在GitHub上使用@hadley discussion之后,我意识到我的问题与R中的常见开发模式背道而驰。
似乎在R源文件中经常假设工作目录(getwd()
)设置为它们所在的目录。为了使这项工作,source
有一个chdir
}参数,其默认值为FALSE
。设置为TRUE
时,它会将工作目录更改为源文件的目录。
总结:
假设source
始终是相对的,因为要获取的文件的工作目录设置为文件所在的目录。
要使其发挥作用,请始终在从其他目录中提取文件时设置chdir=T
,例如source('lib/stats/big_stats.R', chdir=T)
。
为了便于以可预测的方式获取整个目录,我编写了sourceDir
,它按字母顺序在目录中提供文件。
sourceDir <- function (path, pattern = "\\.[rR]$", env = NULL, chdir = TRUE)
{
files <- sort(dir(path, pattern, full.names = TRUE))
lapply(files, source, chdir = chdir)
}