Question

我有一个包含数百行和数十列的矩阵，并希望绘制热图。如果我使用原生R函数：

heatmap(matrix(sample(1:10000),nrow=1000,ncol=10))

我得到一个带有难以辨认的行标题的数字。我假设生成的图像符合当前绘图设备的规格。我想控制行的高度，即使这不能在我当前的设备上显示。只需写入高大的PNG，只需在图像上方/下方添加空白即可：

png( '/looks_the_same_with_whitespace.png', width=500, height=1500)
heatmap(matrix(sample(1:10000),nrow=1000,ncol=10))
dev.off()

有没有一种干净的方法可以做到这一点，或许是通过欺骗R认为我有一个非常高的显示器？来自一个支持良好的库的功能也是一个很好的答案。

Answer 1

前段时间，我也遇到了同样的问题。来自heatmap.2包的gplots函数解决了这个问题。但是，我不太清楚如何看待这么多基因（或者rowlabs）是有益的。但正如你所说的那样你会做这样的事情：关键是改变热图的layout（参见？heatmap.2，？layout），它在绘图设备上的2x2网格上绘制热图（示例中？布局解释得更好）。之后，您可能需要相应地更改cex来更改rowlabs cexRow。您的情况可能需要稍微使用值来获得所需的结果。

library(gplots)

row.scaled.expr <- matrix(sample(1:10000),nrow=1000,ncol=10)

png( 'heatmap_without_whitespace_smaller_row_lab.png', width=500, height=1500)
heatmap.2(row.scaled.expr, dendrogram ='row',
                 Colv=FALSE, col=greenred(800), 
                 key=FALSE, keysize=1.0, symkey=FALSE, density.info='none',
                 trace='none', colsep=1:10,
                 sepcolor='white', sepwidth=0.05,
                 scale="none",cexRow=0.2,cexCol=2,
                 labCol = colnames(row.scaled.expr),                 
                 hclustfun=function(c){hclust(c, method='mcquitty')},
                 lmat=rbind( c(0, 3), c(2,1), c(0,4) ), lhei=c(0.25, 4, 0.25 ),                 
                 )
dev.off()

增加R heatmap（）函数中的行高

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