Question

我有data.table不是很大（2 GB）但由于某种原因write.csv需要很长时间才能写出来（我从未真正完成等待）并且似乎使用大量的RAM来做到这一点。

我尝试将data.table转换为data.frame，但由于data.table扩展data.frame，因此不应该做任何事情。有没有人碰到这个？

更重要的是，如果你用 Ctrl - C 停止它，R似乎不会给回记忆。

Answer 1

更新2019.01.07 ：

自2016-11-25以来，

fwrite一直关注CRAN。

install.packages("data.table")

更新08.04.2016 ：

fwrite最近被添加到data.table包的开发版本中。它也并行（隐式）运行。

# Install development version of data.table
install.packages("data.table", 
                  repos = "https://Rdatatable.github.io/data.table", type = "source")

# Load package
library(data.table)

# Load data        
data(USArrests)

# Write CSV
fwrite(USArrests, "USArrests_fwrite.csv")

根据speeding up the performance of write.table下显示的详细基准测试，fwrite比write.csv（YMMV）快〜17倍。

更新2015年12月15日：

将来fwrite包中可能会有data.table个功能，请参阅：https://github.com/Rdatatable/data.table/issues/580。在这个线程中，GIST被链接，它提供了这样一个函数的原型，将该过程加速了2倍（根据作者https://gist.github.com/oseiskar/15c4a3fd9b6ec5856c89）。

原始回答：

我遇到了同样的问题（尝试编写更大的CSV文件）并最终决定不使用CSV文件。

我建议你使用SQLite，因为它比处理CSV文件要快得多：

require("RSQLite")
# Set up database    
drv <- dbDriver("SQLite")
con <- dbConnect(drv, dbname = "test.db")
# Load example data
data(USArrests)
# Write data "USArrests" in table "USArrests" in database "test.db"    
dbWriteTable(con, "arrests", USArrests)

# Test if the data was correctly stored in the database, i.e. 
# run an exemplary query on the newly created database 
dbGetQuery(con, "SELECT * FROM arrests WHERE Murder > 10")       
# row_names Murder Assault UrbanPop Rape
# 1         Alabama   13.2     236       58 21.2
# 2         Florida   15.4     335       80 31.9
# 3         Georgia   17.4     211       60 25.8
# 4        Illinois   10.4     249       83 24.0
# 5       Louisiana   15.4     249       66 22.2
# 6        Maryland   11.3     300       67 27.8
# 7        Michigan   12.1     255       74 35.1
# 8     Mississippi   16.1     259       44 17.1
# 9          Nevada   12.2     252       81 46.0
# 10     New Mexico   11.4     285       70 32.1
# 11       New York   11.1     254       86 26.1
# 12 North Carolina   13.0     337       45 16.1
# 13 South Carolina   14.4     279       48 22.5
# 14      Tennessee   13.2     188       59 26.9
# 15          Texas   12.7     201       80 25.5

# Close the connection to the database
dbDisconnect(con)

有关详细信息，请参阅http://cran.r-project.org/web/packages/RSQLite/RSQLite.pdf

您还可以使用http://sqliteadmin.orbmu2k.de/之类的软件访问数据库并将数据库导出为CSV等。

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write.csv用于大型data.table

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