Question

我有一个嵌套的模型列表，我想从中提取系数，然后创建一个数据框，其中每一行还包含存储该模型的列表元素的名称。我想知道是否有一个plyr函数已经处理嵌套列表，或者通常是一种更简洁的方式来完成任务。

例如：

### Create nested list of models

iris.models <- list()
for (species in unique(iris$Species)) {

iris.models[[species]]<- list()

for (m in c("Sepal.Length","Sepal.Width","Petal.Length")) {

    iris.formula <- formula(paste("Petal.Width ~ ", m))
    iris.models[[species]][[m]] <- lm(iris.formula
                                      , data=iris
                                      , subset=Species==species)

    } # for m

} # for species 

### Create data frame of variable coefficients (excluding intercept)

irisCoefs <- ldply(names(iris.models)
             , function(sp) {
              ldply(iris.models[[sp]]
                    , function(meas) data.frame(Species=sp, Coef=coef(meas)[-1])
            )})
colnames(irisCoefs)[colnames(irisCoefs)==".id"] <- "Measure"
irisCoefs

此代码生成如下数据框：

  Measure      Species          Coef
1 Sepal.Length setosa     0.08314444
2 Sepal.Width  setosa     0.06470856
3 Petal.Length setosa     0.20124509
4 Sepal.Length versicolor 0.20935719
5 Sepal.Width  versicolor 0.41844560
6 Petal.Length versicolor 0.33105360
7 Sepal.Length virginica  0.12141646
8 Sepal.Width  virginica  0.45794906
9 Petal.Length virginica  0.16029696

虽然我的代码有效，但我最终做的方式似乎有点不合适，而且我想知道我是否可以进一步简化（或将其概括为其他情况）：

我的问题是：

使用嵌套列表似乎有点棘手。在外部ldply调用中，我不得不使用列表项的名称，但在内部项中，我添加了.id列＆＃34;免费＆＃34;。我无法找到一种更简单的方法来访问被调用函数中列表元素的名称。

我也无法更改＆＃34; .id＆＃34;中的列名。在第二个ldply函数调用本身。所以我最后添加了colnames语句。

有没有办法让我的代码在plyr的做事方式中更直接？

我不知道这是否有助于澄清我的意图，但我想象代码看起来像：

ldply(iris.models, .id.col="Species", function(sp) ldply(sp, .id.col="Measure", function(x) data.frame(coef(x)[-1])))

感谢。

Answer 1

plyr aproach：

#Melt the predictor variables
iris_m <- melt(iris[, -4], id.vars = "Species")
#Insert the dependant variable
iris_m$Petal.Width <- rep(iris$Petal.Width, 3)

#Make the models divide by species and variable
models <- dlply(iris_m, .(Species, variable), 
                function(x) lm(Petal.Width ~ value, data = x))
#Get the coefficients as a nice data.frame
ldply(models, function(x) coef(x)[-1])

     Species     variable      value
1     setosa Sepal.Length 0.08314444
2     setosa  Sepal.Width 0.06470856
3     setosa Petal.Length 0.20124509
4 versicolor Sepal.Length 0.20935719
5 versicolor  Sepal.Width 0.41844560
6 versicolor Petal.Length 0.33105360
7  virginica Sepal.Length 0.12141646
8  virginica  Sepal.Width 0.45794906
9  virginica Petal.Length 0.16029696

Answer 2

不完全是所需的格式，但这适用于基本功能。

m=c("Sepal.Length","Sepal.Width","Petal.Length")
do.call(rbind,
    by(iris,iris$Species,
      function(x) sapply(m, 
        function(y) coef(lm(paste('Petal.Width ~',y),data=x))) [2,]
   ) 
)

           Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length
setosa       0.08314444  0.06470856    0.2012451
versicolor   0.20935719  0.41844560    0.3310536
virginica    0.12141646  0.45794906    0.1602970

通过plyr从嵌套的模型列表中提取系数

2 个答案: