Question

解析DICOM文件的最简单，最pythonic的方法是什么？

不使用非Python库的本机Python实现将是更受欢迎的。 DICOM是数字医疗成像中的标准文件格式（有关更多信息，请查看here）。

有一些C / C ++库支持读取（子集）DICOM文件。其中两个或三个甚至都有Python绑定。本机Python解析器对我来说有两个目的：

无需构建任何外部C / C ++库。
了解DICOM文件格式。

Answer 1

截至今天，还有另一个纯Python包，可以读取DICOM文件：pydicom

Answer 2

这些天我大量使用pydicom，它摇滚。

开始玩它很容易：

import dicom 
data = dicom.read_file("yourdicomfile.dcm")

要从“数据”对象中获取有趣的东西，以某种方式类似于dcmdump输出：

for key in data.dir():        
    value = getattr(data, key, '')
    if type(value) is dicom.UID.UID or key == "PixelData":
        continue

    print "%s: %s" % (key, value)

我认为了解更多关于dicom格式的一个好方法是打开类似的文件并编写代码，根据各个方面进行比较：研究描述，窗口宽度和中心，像素表示等。

玩得开心！：）

Answer 3

如果您想了解DICOM格式，Oleg Pianykh的“医学数字成像和通信（DICOM）：实用入门和生存指南”非常易读，并对关键的DICOM概念进行了很好的介绍。 Springer-Verlag是本书的出版商。当然，完整的DICOM标准是最终的参考，尽管它有点令人生畏。它可以从NEMA（http://medical.nema.org）获得。

文件格式实际上不如您想象的那么深奥，并且由前导码后跟一系列数据元素组成。前导码包含ASCII文本“DICM”和几个未使用的保留字节。序言之后是一系列数据元素。每个数据元素由元素的大小，表示值表示的双字符ASCII码，DICOM标记和值组成。文件中的数据元素按其DICOM标记号排序。图像本身只是另一个具有大小，值表示等的数据元素。

值表示确切地指定了如何解释该值。这是一个数字吗？它是一个字符串吗？如果是字符串，是短字还是长字，允许哪些字符？值表示代码告诉您。

DICOM标记是一个4字节的十六进制代码，由2字节“组”编号和2字节“元素”编号组成。组号是一个标识符，用于告诉您标签应用于哪个信息实体（例如，组0010指的是患者，组0020指的是研究）。元素编号标识值的解释（诸如患者的ID号，系列描述等项目）。要了解如何解释该值，您的代码将在字典文件中查找DICOM标记。

还涉及其他一些细节，但这就是它的本质。您可以做的关于文件格式最有启发性的事情是获取一个示例DICOM文件，使用十六进制编辑器查看它，并完成在心理上解析它的过程。我建议不要试图通过查看现有的开源实现来了解DICOM，至少在最初阶段。它更容易混淆而不是启发。全局了解更为重要。一旦你掌握了全局，那么你就可以陷入微妙之中。

Answer 4

上面提到的库pydicom看起来像是一个访问DICOM数据结构的好库。用它来访问例如RT DOSE数据，我想有人会做类似

的事情

import dicom,numpy
dose = dicom.ReadFile("RTDOSE.dcm")
d = numpy.fromstring(dose.PixelData,dtype=numpy.int16)
d = d.reshape((dose.NumberofFrames,dose.Columns,dose.Rows))

然后，如果你在mayavi，

from enthought.mayavi import mlab
mlab.pipeline.scalar_field(d)

这会给出错误的坐标和剂量缩放，但原则应该是合理的。

CT数据应该非常相似。

Answer 5

现在发生了更新的gdcm开发：

http://gdcm.sourceforge.net/

它支持python上的Java和C＃。

为什么要编写又一个 dicom实现，当您可以集中单个C ++实现并让它可以访问这么多不同的语言时

Answer 6

几年前我一直在寻找相同的东西并发现了这个： Python DICOM lib

我对代码印象不是很深刻，但它是本机Python读取DICOM文件。

Answer 7

DICOM是一个真正的痛苦......即使制造商坚持标准。如果您编写自己的DICOM库，您会发现不同的制造商DICOM与其他供应商实际上不兼容[需要引证]。

我（在我的业余时间）尝试编写一个C dicom解析器从一个漂亮的小型Ruby解析器中大量借用，我巧妙地称之为“ruby-dicom”。它实际上是非常易读的代码（我看了一个较小的早期版本）。

最令人头痛的是试图用预期的数据类型来收集标题标记库。有标准定义的标签和供应商标签。 ruby-dicom文件包含一个文本格式的标签库，可以轻松检查。

我放弃了官方文献，因为我只对文件格式感兴趣，而文件格式似乎只是10个左右的巨大PDF文件之一。

我的本地DICOM文件没有压缩，遵循标准的易编码位排列，但要准备好各种压缩和存储在8位容器中的奇怪的12位图像，这些容器具有大或小的字节顺序且没有填充位...

一旦时间变得非常稀缺，我就放弃了。

对于这种样式的头文件解析，Python可能是比C更好的选择......

Answer 8

有些库（通常用C / C ++实现）带有Python绑定，例如：

但是，我正在寻找本机Python实现来了解有关DICOM文件格式的更多信息。

Answer 9

我想知道原始海报尝试了什么以及哪些方法有效并且不适用于他。我从未使用过DICOM，但快速谷歌搜索“DICOM python”给了几个有趣的结果。似乎这个项目：http://www.creatis.univ-lyon1.fr/Public/Gdcm/应该提供你想要的东西。它有python绑定和非常活跃的邮件列表。

在本机Python中解析DICOM文件

9 个答案: