Question

我正在尝试从文本文件中提取DNA序列并将其存储起来。我可以使用以下代码来完成它，但这不是最好的方法，因为我正在逐行读取文本文件。我想知道是否有更简单的方法来查找我的文本文件中的每个DNA序列，而无需逐行读取文本文件。

example.pl

#!/usr/local/bin/perl
open(MYFILE, 'data.txt');
@entire_file = <MYFILE>;
while (<MYFILE>) {
    chomp;
    print "$_\n";
}

$line1 = <MYFILE>;
chomp $line1;
$line2 = <MYFILE>;
chomp $line2;
$line3 = <MYFILE>;
chomp $line3;
$line4 = <MYFILE>;
chomp $line4;
$line5 = <MYFILE>;
chomp $line5;

#Prints DNA sequence 1
print "$line2";

#Prints DNA sequence 2
print "$line5";

close(MYFILE);

data.txt中

gi | 171361，Saccharomyces cerevisiae，（CYS3）基因，实验1，Joe Bloggs   GCAGCGATCGACAGCTGTGCTATCCCGGCGAGCCCGTGGCAGAGGACCTCGCTTGCGAAAGCATCGAGTACC

gi | 171362，Saccharomyces cerevisiae，（CYS4）基因，实验2，Paul McDonald   GAAGCGCACGACAGCTGTGCTATCCCGGCGAGCCCGTGGCAGAGGACCTCGCTTGCGAAAGCATCGAGTACC

Answer 1

以下是使用BioPerl模块Bio :: SeqIO;

的示例

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Bio::SeqIO;

my $in  = Bio::SeqIO->new( -file   => "junk.txt" ,
                           -format => 'FASTA');

while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
    printf "id: %s\ndescr: %s\nseq: %s\n\n", $seq->id, $seq->desc, $seq->seq;
}

__END__
Contents of junk.txt

>gi|171361, Saccharomyces cerevisiae, (CYS3) gene, Lab 1, Joe Bloggs
GCAGCGATCGACAGCTGTGCTATCCCGGCGAGCCCGTGGCAGAGGACCTCG
CTTGCGAAAGCATCGAGTACC
>gi|171362, Saccharomyces cerevisiae, (CYS4) gene, Lab 2, Paul McDonald
GAAGCGCACGACAGCTGTGCTATCCCGGCGAGCCCGTGGCAGAGGACCTCG
CTTGCGAAAGCATCGAGTACC

而且，这是运行ptogram的结果。

C:\Old_Data\perlp>perl t5.pl
id: gi|171361,
descr: Saccharomyces cerevisiae, (CYS3) gene, Lab 1, Joe Bloggs
seq: GCAGCGATCGACAGCTGTGCTATCCCGGCGAGCCCGTGGCAGAGGACCTCGCTTGCGAAAGCATCGAGTACC

id: gi|171362,
descr: Saccharomyces cerevisiae, (CYS4) gene, Lab 2, Paul McDonald
seq: GAAGCGCACGACAGCTGTGCTATCCCGGCGAGCCCGTGGCAGAGGACCTCGCTTGCGAAAGCATCGAGTACC

Answer 2

之后

@entire_file = <MYFILE>;

您将整个文件保存在数组@entire_file中。之后您使用readline运算符（<..>）执行的所有其他操作都将无效，因为该文件已被完整读取。

您可以循环遍历数组中的元素并使用它们执行任何操作，例如，

foreach my $line (@entire_file) {
  if ($line =~ /^gi/) { print "Descriptor: $line" }
  else { print "Sequence: $line" }
}

我建议你阅读一般的阅读文件，模式匹配和循环。

Answer 3

如果你有一个数组中的所有文件行，你可以迭代该数组以使用正则表达式获取id / descriptor和sequence元素：

use Modern::Perl;
use Data::Dumper;

my ( @id, @des, @dna );
chomp( my @FASTA = <DATA> );

for ( my $i = 0 ; $i < @FASTA ; $i += 3 ) {
    my ( $id, $des ) = split ', ', $FASTA[$i], 2;
    push @id,  $id;
    push @des, $des;
    push @dna, $FASTA[ $i + 1 ];
}

say Dumper \@id, \@des, \@dna;

say @FASTA + 0;

__DATA__
>gi|171361, Saccharomyces cerevisiae, (CYS3) gene, Lab 1, Joe Bloggs
GCAGCGATCGACAGCTGTGCTATCCCGGCGAGCCCGTGGCAGAGGACCTCGCTTGCGAAAGCATCGAGTACC

>gi|171362, Saccharomyces cerevisiae, (CYS4) gene, Lab 2, Paul McDonald
GAAGCGCACGACAGCTGTGCTATCCCGGCGAGCCCGTGGCAGAGGACCTCGCTTGCGAAAGCATCGAGTACC

输出：

$VAR1 = [
          '>gi|171361',
          '>gi|171362'
        ];
$VAR2 = [
          'Saccharomyces cerevisiae, (CYS3) gene, Lab 1, Joe Bloggs',
          'Saccharomyces cerevisiae, (CYS4) gene, Lab 2, Paul McDonald'
        ];
$VAR3 = [
          'GCAGCGATCGACAGCTGTGCTATCCCGGCGAGCCCGTGGCAGAGGACCTCGCTTGCGAAAGCATCGAGTACC',
          'GAAGCGCACGACAGCTGTGCTATCCCGGCGAGCCCGTGGCAGAGGACCTCGCTTGCGAAAGCATCGAGTACC'
        ];

Answer 4

如果你只是想要命令行中的序列，那么这个单行将会这样做：

perl -lane 'print $F[-1] if @F' data.txt

有关详细信息，请参阅perlrun(1)。

使用awk：

的类似解决方案

awk 'NF { print $NF }' data.txt

如何在不逐行阅读的情况下从文本文件中提取DNA序列？

4 个答案: