Question

我有一个python脚本，可以使用os.subprocess模块运行一些外部命令。但其中一个步骤需要很长时间，所以我想分开运行它。我需要启动它们，检查它们是否已完成，然后执行下一个不平行的命令。我的代码是这样的：

nproc = 24 
for i in xrange(nproc):
    #Run program in parallel

#Combine files generated by the parallel step
for i in xrange(nproc):
    handle = open('Niben_%s_structures' % (zfile_name), 'w')
    for i in xrange(nproc):
        for zline in open('Niben_%s_file%d_structures' % (zfile_name,i)):handle.write(zline)
    handle.close()

#Run next step
cmd = 'bowtie-build -f Niben_%s_precursors.fa bowtie-index/Niben_%s_precursors' % (zfile_name,zfile_name)

Answer 1

对于您的示例，您只想并行出局 - 您不需要线程。

使用Popen模块中的subprocess构造函数：http://docs.python.org/library/subprocess.htm

为您生成的每个流程收集Popen个实例，然后wait()为他们完成：

procs = []
for i in xrange(nproc):
    procs.append(subprocess.Popen(ARGS_GO_HERE)) #Run program in parallel
for p in procs:
    p.wait()

你可以逃避这一点（而不是使用multiprocessing或threading模块），因为你并不真正对这些互操作感兴趣 - 你只是希望操作系统运行它们并行，并确保当你结合结果时它们都已完成......

Answer 2

并行运行也可以使用Python中的多个进程实现。我刚刚写了一篇关于这个主题的博客文章，你可以在这里找到它

http://multicodecjukebox.blogspot.de/2010/11/parallelizing-multiprocessing-commands.html

基本上，我们的想法是使用“工作进程”，它独立地从队列中检索作业，然后完成这些作业。

根据我的经验，效果很好。

Answer 3

您可以使用线程来完成。这是非常简短的（未经测试的）示例，如果您在线程中实际执行的操作非常难看，那么您可以编写自己的工作类..

import threading

class Worker(threading.Thread):
    def __init__(self, i):
        self._i = i
        super(threading.Thread,self).__init__()

    def run(self):
        if self._i == 1:
            self.result = do_this()
        elif self._i == 2:
            self.result = do_that()

threads = []
nproc = 24 
for i in xrange(nproc):
    #Run program in parallel        
    w = Worker(i)
    threads.append(w)
    w.start()
    w.join()

# ...now all threads are done

#Combine files generated by the parallel step
for i in xrange(nproc):
    handle = open('Niben_%s_structures' % (zfile_name), 'w')
    ...etc...

如何在python中运行并行程序

3 个答案: