Question

我正在使用VMD（分子动力学可视化包），我想从Perl脚本打开VMD，运行Tcl脚本，将输出打印到日志文件，然后关闭VMD并返回到Perl脚本。执行此操作的普通语法是：

system("vmd -dispdev text -eofexit < program.tcl > LOG");

按照我的理解分解如下：

system("");：执行引号
vmd：调用VMD
-dispdev text：以文本模式打开VMD
-eofexit：在达到STDIN上的EOF时终止VMD
< prog.tcl：将prog.tcl设为STDIN; vmd将在prog.tcl完成时终止
> LOG：将STOUT写入文件<LOG>

现在这可以完美地工作，除了我的Tcl脚本接受参数。我喜欢做的事情就像：

system("vmd -dispdev text -eofexit < program.tcl string1 string2 > LOG");

但是，在这种情况下，shell会尝试将string1和string2作为文件读取。由于我对重定向的理解有限，我不确定完全第一行发生了什么，第二行究竟出了什么问题，或者什么是好的解决方案。任何帮助将不胜感激。

Answer 1

抱歉，当你的Tcl脚本在vmd等其他程序中执行时，不要认为你可以直接将参数传递给它。我建议通过文件传递参数作为解决方法。例如。在Perl脚本中，在调用vmd之前，使用Tcl语法将参数写入文件：

open PARAMS, '>myparams.tcl';
print PARAMS "set arg1 $string1; set arg2 $string2";
close PARAMS;

然后在program.tcl的开头，不是使用命令行参数（$ argv），而是让它读取参数文件以获取参数值：

source myparams.tcl

Answer 2

您正在做的是将program.tcl文件的内容发送到vmd，而不是执行程序的输出。如果我理解你，你想用管道将Tcl程序连接到vmd：

system("program.tcl arg1 arg2 | vmd -... > output.file");

修改

因此，如果vmd在stdin上读取Tcl代码，您仍然可以在不使用临时文件的情况下传递参数：

system("( echo 'set arg1 str1; set arg2 str2'; cat program.tcl; ) | vmd ... > output_file");

或

open my $fh, '<', 'program.tcl'; my @tcl = <$fh>; close $fh; unshift @tcl, "set arg1 str1\n", "set arg2 str2\n"; open $fh, '|-', 'vmd ... > output.file' or die 'msg...'; print $fh join('', @tcl); close $fh or die 'msg...';

Answer 3

您可以通过执行类似

之类的操作将参数直接传递给VMD

system(vmd -dispdev text -e program.tcl -args string1 string2 > LOG);

请务必在quit的末尾添加program.tcl语句。

从Bourne Shell执行TCL脚本时出现问题（重定向问题）

3 个答案: