Question

我正在使用R中的data.table包。当尝试在数字列上使用setkey时，我收到以下错误消息：

setkey(candidate.SNPs.MAF, p)

Error in setkeyv(x, cols, verbose = verbose) :
Column 'p' cannot be coerced to integer without losing fractional data.

我见过最近的 answer表明我需要至少拥有v1.8.1并确认在使用最新版本（1.8.2）时会出现此问题

help(package="data.table")
               Information on package 'data.table'

Description:
Package:            data.table
Version:            1.8.2

有什么建议吗？我宁愿不必恢复到data.frames。

我的数据结构如下：

str(can_SNPs_context)
Classes 'data.table' and 'data.frame':  1031 obs. of  23 variables:
$ Trait            : chr  "GH2_SLA" "GH2_SLA" "GH2_SLA" "GH2_SLA" ...
$ Locus            : chr  "1" "1" "1" "1" ...
$ Marker           : int  1825530 1844004 2251065 2444826 2832616 3557976 4299 650 4606939 4610965 6057450 ...
$ p                : num  8.68e-08 7.21e-08 1.11e-07 1.20e-08 8.17e-08 ...

p列是我试图设置的关键 - 非常小的值会导致问题吗？

R版本2.15.1 Linux x86_64

谢谢！

Answer 1

Andrie和mnel，我也无法复制。

测试data.table类型的安装：

test.data.table()

在我的上网本上，这将返回：

[.. snip ..]
All 717 tests in test.data.table() completed ok in 50.040sec

如果它准确地返回 717 那么你就是好的。对于1.8.2的NEWS的NOTES部分，您会发现1.8.2有717个测试。

是否有可能升级到1.8.2但是没有重新加载软件包，或者当你升级一个但没有重新加载其他R会话时运行了多个R会话？ help，packageVersion等报告磁盘上的软件包版本，而不是加载到内存中的版本，afaik。当data.table加载时，它是启动横幅，告诉您版本正在运行。

我不知道R是否存储了加载到内存中的软件包的版本。如果没有，那么建议r-devel是好的，并且更改packageVersion和hep(package=)以检查内存中的版本（如果已加载）与磁盘上的版本匹配。

带有数字列的R data.table setkey

1 个答案: