Question

我正在尝试在群集中运行matlab脚本（ga_opt_main.m）。我必须编写一个作业提交文件，它本质上只是一个shell脚本。但我从来没有写过shell脚本，这就是我写的

  #!/bin/bash
  #PBS -q *queuename*
  #PBS -l nodes=1:ppn=20
  #PBS -l walltime=02:00:00
  #PBS -N ga_opt_main

  module load matlab/R2011b
  module list

  unset DISPLAY
  matlab -nodisplay -nodesktop -r *directory path/ga_opt_main.m*

MATLAB在后台打开，但我的工作没有运行。相反，我得到一个错误文件说

  bash: -c: line 0: syntax error in conditional expression
  bash: -c: line 0: syntax error near `fraction'

关于为什么会发生这种情况以及如何避免这种情况的任何想法？谢谢！

Answer 1

我之前从未使用过PBS，但要从shell运行MATLAB脚本，请尝试以下操作：

matlab -nodesktop -nodisplay -r "addpath('/directory/path'); ga_opt_main; quit;"

其中ga_opt_main.m是脚本文件的名称，'/directory/path'是它所在的目录。请注意，您还必须在MATLAB路径上对此脚本具有任何其他依赖关系。

还有一个方便的RUN函数可以执行类似的操作：

matlab ... -r "run('/directory/path/ga_opt_main.m'); quit;"

Answer 2

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 #!/bin/sh
 #PBS -l nodes=1
 #PBS -l walltime=2:0:0
 #PBS -j oe
 #PBS -o localhost:/dev/null
 #PBS -d /your/working/directory


     cd $PBS_O_WORKDIR
     matlab -nodisplay -nodesktop -nojvm -nosplash -r "your_matlab_function"

我想将addpath(genpath('~/your/script's/home'));添加到实际的matlab脚本/函数中。另外，不要在您的matlab文件名中添加“.m”。

Bash脚本错误运行MATLAB

2 个答案: