Question

那里有人使用MATLAB的javaObject()函数和一个使用JNI的JAR文件？

我正在尝试让JHDF5运行，当它试图使用jhdf5.dll进行访问时似乎爆炸，所以我真的不知道接下来该做什么。：（

编辑：我 NOT 尝试阅读基本的HDF5文件。我有自己的自定义Java代码，可以使用HDF5并需要JHDF5库。另外，我的第一个问题是，是否有人成功使用过它。如果没有，那么我可能正在打一场失败的战斗。如果是这样，至少它给了我希望。我将尝试调试，与在Eclipse下调试常规Java代码相比，这非常困难。

更新：好的，具体如下。我做了一个非常短的测试类，它与我复杂的程序具有相同的故障模式。看起来我的Java类由于某种原因无法访问HDF5静态常量。

我的MATLAB javaclasspath设置为包含我的test-hdf5.jar和Test1.java（下面），以及文件jhdf5.jar，jhdf5.dll，jhdf5obj.jar和jhdfobj.jar 。目录

源文件Test1.java：

package com.example.test.hdf5;

import ncsa.hdf.hdf5lib.H5;
import ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants;
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.HDF5LibraryException;
import ncsa.hdf.object.FileFormat;
import ncsa.hdf.object.h5.H5File;

public class Test1 {
    public Test1 () {}

    public static void main(String args[])
    {
        Test1 test = new Test1();
        if (args.length < 2)
        {

        }
        else if ("h5file".equals(args[0]))
        {
            test.testH5File(args[1]);
        }
        else if ("h5f".equals(args[0]))
        {
            test.testH5F(args[1]);          
        }
    }


    public void testH5File(String filename) {
        H5File file;
        try
        {
            file = (H5File) new H5File().createFile(
                    filename, FileFormat.FILE_CREATE_OPEN);
            file.close();
        }
        catch (Exception e)
        {
            throw new RuntimeException(e);
        }
    }

    public void testH5F(String filename) {
        try {
            int id = H5.H5Fopen(filename, 
                    HDF5Constants.H5F_ACC_RDONLY, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
            H5.H5Fclose(id);
        }
        catch (HDF5LibraryException e) {
            throw new RuntimeException(e);
        }
        catch (NullPointerException e) {
            throw new RuntimeException(e);
        }
    }
}

MATLAB错误：

>> T=javaObject('com.example.test.hdf5.Test1')

T =

com.example.test.hdf5.Test1@c9a375

>> T.testH5F('c:/tmp/espdf/jj11copy.hdf5')
java.lang.UnsatisfiedLinkError: no jhdf5 in java.library.path
    at java.lang.ClassLoader.loadLibrary(Unknown Source)
    at java.lang.Runtime.loadLibrary0(Unknown Source)
    at java.lang.System.loadLibrary(Unknown Source)
    at ncsa.hdf.hdf5lib.H5.<clinit>(H5.java:276)
    at ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants.<clinit>(HDF5Constants.java:494)
    at com.example.test.hdf5.Test1.testH5F(Test1.java:46)
Jul 23, 2009 10:38:16 AM ncsa.hdf.hdf5lib.H5 <clinit>

INFO: HDF5 library: jhdf5 resolved to: jhdf5.dll;  NOT successfully loaded from java.library.path

??? Java exception occurred:
java.lang.UnsatisfiedLinkError: ncsa.hdf.hdf5lib.H5.H5dont_atexit()I

    at ncsa.hdf.hdf5lib.H5.H5dont_atexit(Native Method)

    at ncsa.hdf.hdf5lib.H5.<clinit>(H5.java:288)

    at ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants.<clinit>(HDF5Constants.java:494)

    at com.example.test.hdf5.Test1.testH5F(Test1.java:46)


>> T.testH5F('c:/tmp/espdf/jj11copy.hdf5')
??? Java exception occurred:
java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants

    at com.example.test.hdf5.Test1.testH5F(Test1.java:46)


>> T.testH5File('c:/tmp/espdf/jj11copy.hdf5')
??? Java exception occurred:
java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants

    at ncsa.hdf.object.h5.H5File.<init>(H5File.java:167)

    at ncsa.hdf.object.h5.H5File.<init>(H5File.java:106)

    at com.example.test.hdf5.Test1.testH5File(Test1.java:34)

如果重要，这是我正在使用的ant构建文件。 JHDF5 .jar文件和.dll位于我的lib目录中;它们被复制到创建我自己的.jar文件的dist目录。

<?xml version="1.0"?>
<project default="all" name="test-hdf5">
  <description>some libraries to use later</description>

  <property name="srcDir" location="src"/>
  <property name="buildDir" location="bin"/>
  <property name="distDir" location="dist"/>
  <property name="libDir" location="lib"/>

  <target name="init">
    <tstamp/>
    <mkdir dir="${buildDir}"/>
    <mkdir dir="${distDir}"/>
  </target>
      <path id="antclasspath">
        <fileset dir="${libDir}">
            <include name="*.jar"/>
        </fileset>
    </path>  

    <target name="compile" depends="init">
        <javac srcdir="${srcDir}"
               destdir="${buildDir}"
               debug="on"
               target="1.6"
               classpathref="antclasspath"
        />
      </target>

  <target name="dist" depends="compile">
    <copy todir="${buildDir}">
        <fileset dir="${srcDir}">
            <include name="*.properties" />
        </fileset>
    </copy>
    <copy todir="${distDir}">
       <fileset dir="${libDir}">
           <include name="*.dll" />
           <include name="*.jar" />
       </fileset>
    </copy>
    <jar destfile="${distDir}/test-hdf5.jar" basedir="${buildDir}"
        includes="**">
      <manifest>
        <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
        <attribute name="Main-Class" value="com.example.test.hdf5.Test1" />
        <attribute name="Class-Path" value=". ./jhdf5.jar ./jhdfobj.jar ./jdhf5obj.jar" />
      </manifest>
    </jar>
  </target>

  <target name="all" depends="dist" />

  <target name="clean" >
    <delete dir="${buildDir}" />
  </target>
</project>

Answer 1

JHDF5在Java端使用一些愚蠢的搜索逻辑来加载dll。它可以工作，除非它没有，这通常是。与许多HDF5细节一样，基础逻辑没有记录。

我这样做了：拿走了JHDF5 Java源代码，删除了试图加载jhdf5.dll的愚蠢AI（它位于ncsa / hdf / hdf5lib / H5.java文件中，约为第230行的static部分 - 290），并用明确的System.load("full/path/to/the/jhdf5.dll");语句替换它。然后重新编译jhdf5.jar。也许不漂亮，但效果很好。

此外，查看源代码，似乎如果您将名为H5_LIBRARY_NAME_PROPERTY_KEY的系统属性设置为指向dll，则可能会加载它。例如，您可以通过使用-D开关启动jvm来设置系统属性，例如：

java -DH5_LIBRARY_NAME_PROPERTY_KEY=path/to/the/jhdf5.dll -jar yourapp.jar

但是没试过。

Answer 2

Matlab对此非常复杂，以上是正确的，类路径不用于dll。您可以使用如上所述的环境解决方案，但也可以使用更多MATLAB特定变量。文件librarypath.txt是能够列出包含MATLAB可用的任何dll的文件夹。它在启动时执行，因此无法动态添加。要编辑库路径，请在MATLAB命令行上运行edit librarypath.txt。

Answer 3

dll可能不在java类路径上。尝试将其目录添加到系统的PATH环境变量中。或者更好的是，只需使用hd5read / write函数。

Answer 4

类路径不用于dll。它们需要位于PATH环境变量（windows）或LD_LIBRARY_PATH（linux）中。您可能还希望使用Depends（Windows，http://www.dependencywalker.com）或ldd（linux）

来验证DLL本身的相对位置和依赖性是否正确

MATLAB + JNI =错误？

4 个答案: