删除具有特定％0的列

Question

我是R的新手，我有一个名为pedM的数据帧，包含203行和19列，我想编写一行代码来删除那些在数据框中返回值大多为0的列（例如98％）该列是0）。

我正在使用数据帧输出一个热图，该热图返回基于基因表达的图像，我想摆脱那些对数据没有真正贡献的异常值的行。

我想我正在寻找的代码行相当简单，但我不能用正确的方法来解决这个问题。重申一下，寻找一条基本上会从具有98％0或2％非零的数据框中删除列的方法，无论哪种方式都更容易。

提前致谢。

的Vivek

Answer 1

为了清楚起见，我喜欢在几个步骤中执行此操作。首先定义一个函数，该函数检查向量的98％零并返回True或False：

myfun <- function(x, threshhold=0.98) {
  if(length(x[x==0])/length(x) > threshhold) {
    TRUE
  } else {
    FALSE
  }
}

然后使用apply：

为每列创建一个布尔矢量

to.drop <- apply(pedM, 2, myfun)

最后删除你不想要的列：

pedM <- pedM[, !to.drop]