Question

if($line =~ /^HWI.*/)
{
    my @fields=split ":",$line;
    $id= $fields[5].":".$fields[6];
    print $fields[5]," ",$fields[6]; <>;
    $id =~ s/\s+//;
    $hash1{$id}=$line;
  }else{
    $hash1{$id}.= $line;
  }

大家都知道这个脚本只打印第5和第6个字段，分别用'：'

我的输入是这样的：

HWI-1KL120:99:C0C9MACXX:6:1101:2105:2123    0   chr5    75483987    0   82M3I16M    *   0   0

我只想要2105 2123 i，第5和第6个字段，但这是从2105 2123开始打印整行

如何只获得这些字段？

Answer 1

试试这个。

...
my @fields = split /[:\s]/, $line;
$id = qq{$fields[5]:$fields[6]};
print "$fields[5] $fields[6]";
$hash1{$id} = $line;
...

这会在:上的whitespace 和分开，因此将字段条目＃6分开（如果这在您的问题中是可行的）。

Answer 2

正如其他人所说，问题在于你是在分裂冒号，而不是在空白上。

不是使用split，而是找到所有既不是冒号也不是空格的字符序列

  my @fields = $line =~ /([^:\s]+)/g;

你的程序的其余部分应该可以正常工作，尽管从$id =~ s/\s+//删除空格的行$id是不必要的，我对<>末尾的print感到困扰1}}陈述。这将读取并丢弃文件中的下一行，我认为它是故意的，但它本身应该在一条线上，而不是像它可能容易被遗漏的那样隐藏起来。

Answer 3

白色空间上的

split或像这样的冒号：

perl -le '$line=qq(HWI-1KL120:99:C0C9MACXX:6:1101:2105:2123 0 chr5 75483987 0 82M3I16M * 0 0);@F=split /[\s:]/,$line;print join q( ),$F[5],$F[6]'
2105 2123

Answer 4

你在冒号分裂线，2123之后没有冒号所以$fields[6]（第七个字段，记住索引是零）是2123 0 chr5 75483987 0 82M3I16M * 0 0。

你可能最好在初始正则表达式中完成所有操作：

if($line =~ /^HWI[^:]*:[^:]*:[^:]*:[^:]*:[^:]*:(([^:]*):(\S*))/) {
  $id = $1;
  $id =~ s/\s+//;
  $hash{$id} = $line;
  print "$2 $3", <>;
} else {
  $hash{$id} .= $line;
}

Answer 5

my @fields=split /:|\s+/, $line;

以适当的方式分裂线

5 个答案: