如何从R中的链接环境中删除锁定?

时间:2012-07-20 08:55:37

标签: r

我尝试运行Bioconductor软件包(truncateCDF)来修改环境(hgu133plus2cdf),以从affymetrix芯片中删除不需要的探针集。 一切都很顺利,直到我收到以下消息(翻译自法语):

>   assign(cdfname, cdf.env, env=CDF.env)
Error in assign(cdfname, cdf.env, env = CDF.env) : 
  impossible to change the value of a locked link for 'hgu133plus2cdf'

assign函数是代码的最终功能,它将对环境数据集CDF.env所做的更改保存到原始环境(hgu133plus2cdf),然后将其用于分析affymetrix芯片结果;所以,这是必不可少的。

我的问题:这个到hgu133plus2cdf环境的锁定链接是什么,我怎么能绕过它。

该软件包的作者在2005年左右成功运行了它的软件包;所以我想这是从那以后在R中引入的一个特性(可能与Bioconductor没有关系,因为assign是一个基本的R函数,我之所以在这个论坛上问这个问题而不是Biostar)。

我尝试阅读文档,但在涉及环境方面,我感到不知所措。

提前感谢您的帮助。

1 个答案:

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我认为truncateCDF不是来自Bioconductor包;它至少不是current。这听起来像this post以及来自Bioconductor邮件列表的同一个帖子的下两个。它是R-packages更改的结果,现在具有不容易修改的名称空间,并且这些是通过锁定定义名称空间符号的环境来实现的。去除探针不是典型微阵列工作流程的重要部分。如果您需要更多帮助,请在Bioconductor mailing list(无需订阅)上询问。