我一直在使用C语言编写的程序上工作一段时间,该程序使用GSL中的函数运行MCMC。我已经阅读了很多GNU文档和编写R扩展,并且我已经阅读了很多关于使用RcppGSL的内容,但在我看来,在C中编写更容易,然后将函数动态加载到R.我已经看到了许多来源描述了如何在Windows上构建函数,但我在如何在基于Unix的系统上使用它的所有内容都是它“相对简单”和“简单”但是我无法使它工作。
我渴望上班的C剧本很容易。它只是采用一个具有给定行数和列数的数组,将其转换为gsl_matrix,然后将其转换回数组(这基本上是我的程序所做的,除了整个更改条目的内容)。 C脚本是
#include <R.h>
#include <stdio.h>
#include <gsl/gsl_linalg.h>
void simple( int *n, int *rows, int *cols)
{
int r,c;
int Cols = *cols; //This step, and the step below it are unnecessary except for readability
int Rows = *rows;
gsl_matrix * m = gsl_matrix_alloc (Rows, Cols); // Declares a gsl_matrix m of size Rows x Cols
for( r = 0; r< Rows; r++)
for (c=0; c< Cols; c++)
gsl_matrix_set(m,r,c, *(n+sizeof(int)*(Cols*r+c))); // The array is organized by rows, sets matrix values
for( r=0; r< Rows; r++)
for (c=0; c < Cols; c++)
*(n+sizeof(int)*(Cols*r+c))=gsl_matrix_get(m,r,c); // This return matrix values to the array (should be the same as before)
}
我所做的是确保我的终端(Mac OS X)和R共享与simple.c保存到的目录相同的目录。我编译了上面的输入
R CMD SHLIB simple.c
进入我的终端创建相应的simple.so文件,也保存到桌面。然后在R我可以做
dyn.load("simple.so")
这是我收到错误的地方
Symbol not found: _gsl_matrix_alloc
Expected in: flat namespace
我对此错误感到困惑,因为好像编译器识别出make文件< gsl/gsl_linalg.h >
所以我认为它不能识别该函数的原因是因为R没有连接到库,但我不知道如何解决这个问题。
此时,如果函数都是可识别的,那么我可以在R
中执行该函数x=.C("simple", c(as.integer(c(1,4,7,2,5,8,3,6,9)),as.integer(3),as.integer(3)))
如果我的函数动态正确加载它会起作用,我会回到X,正好是我放入的第二个输入.C
任何见解都会非常有用,无论是否有人将GSL库成功链接到Mac OS X上的R可能会给我留言或评论会非常感激。我在帮助论坛上唯一能找到的是它“直截了当”或“相对简单”,但我不知道该怎么办!请帮忙!
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您需要指定gsl函数的位置:
R CMD SHLIB simple.c -lgsl -lgslcblas