在Python / Pandas中获取元素类型的有效方法

时间:2012-07-19 03:06:08

标签: python performance types pandas

跟进a previous question,是否有一种首选的有效方式来获取列中每个对象的类型?这特别适用于列的dtypeobject以允许列的元素之间存在异类型的情况(特别是,允许​​数字NaN而不更改数据类型float)的其他元素。

我还没有做过时间基准测试,但我对以下一些明显的想法(以及可能使用mapfilter的变体)持怀疑态度。感兴趣的用例需要快速获取所有元素类型的信息,因此生成器等可能不会在这里产生效率。

# df is a pandas DataFrame with some column 'A', such that
# df['A'].dtype is 'object'

dfrm['A'].apply(type) #Or np.dtype, but this will fail for native types.

另一个想法是使用NumPy vectorize函数,但这真的会更有效吗?例如,使用与上面相同的设置,我可以尝试:

import numpy as np
vtype = np.vectorize(lambda x: type(x)) # Gives error without lambda

vtype(dfrm['A'])

这两种想法都会产生可行的输出,但这是我担心的效率。

我继续在IPython中做了一个小小的基准测试。首先是上面的vtype,然后是apply路线。我重复了十几次,这个例子在我的机器上非常典型。

apply()方法明显胜出,所以有充分的理由期望我不会比使用apply()更有效吗?

适用于vtype()

In [49]: for ii in [100,1000,10000,100000,1000000,10000000]:
   ....:     dfrm = pandas.DataFrame({'A':np.random.rand(ii)})
   ....:     dfrm['A'] = dfrm['A'].astype(object)
   ....:     dfrm['A'][0:-1:2] = None
   ....:     st_time = time.time()
   ....:     tmp = vtype(dfrm['A'])
   ....:     ed_time = time.time()
   ....:     print "%s:\t\t %s"%(ii, ed_time-st_time)
   ....:     
100:         0.0351531505585
1000:        0.000324010848999
10000:       0.00209212303162
100000:      0.0224051475525
1000000:     0.211136102676
10000000:    2.2215731144

适用于apply()

In [50]: for ii in [100,1000,10000,100000,1000000,10000000]:
   ....:     dfrm = pandas.DataFrame({'A':np.random.rand(ii)})
   ....:     dfrm['A'] = dfrm['A'].astype(object)
   ....:     dfrm['A'][0:-1:2] = None
   ....:     st_time = time.time()
   ....:     tmp = dfrm['A'].apply(type)
   ....:     ed_time = time.time()
   ....:     print "%s:\t %s"%(ii, ed_time-st_time)
   ....:     
100:         0.000900983810425
1000:        0.000159025192261
10000:       0.00117015838623
100000:      0.0111050605774
1000000:     0.103563070297
10000000:    1.03093600273

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

Series.applySeries.map使用我编写的专门的Cython方法(pandas.lib.map_infer),大约比使用numpy.vectorize快2倍。