Question

我有三个文件，每个文件中的信息不会以任何方式重叠 - 但是，它们需要以特定方式相互合并才能有用。

第一个文件在后两个文件中是唯一的，它们以相同的方式设置。文件1看起来像这样：

rs101   12  126890980   A   G   
rs102   4   114553253   A   C   
rs103   9   172776204   C   T

文件2如下所示：

1   178 0.12    0.26    0.02    
1   1458    0.35    0.37    0.021   
1   318 0.99    0.105   0.08

文件3如下所示：

 1  3567    0.78    0.67    0.005   
 0  0   0   0   0   
 1  3567    0.34    -0.15   0.001

我想要一个脚本将这些文件合并到文件中以生成第三个文件：

rs101   12  126890980   A   G
1   178 0.12    0.26    0.02
1   3567    0.78    0.67    0.005
rs102   4   114553253   A   C   
1   1458    0.35    0.37    0.02
0   0   0   0   0
rs103   9   172776204   C   T
1   318 0.99    0.105   0.08
1   3567    0.34    -0.15   0.001

问题是如果这些文件合并不正确，它们在运行分析时将无法提供正确的信息 - 我可以在每个文件的末尾添加一个唯一的列（例如，rs＃可以在文件中打印两次一个（一次在第一列，一次在最后一列），然后相应的rs号可以添加到文件2和3末尾的另一列中。然后我可以手动检查合并是否正确发生。任何见解或建议表示赞赏！

Answer 1

单向，使用paste：

paste -d "\n" file1.txt file2.txt file3.txt

结果：

rs101   12  126890980   A   G   
1   178 0.12    0.26    0.02    
1  3567    0.78    0.67    0.005   
rs102   4   114553253   A   C   
1   1458    0.35    0.37    0.021   
0  0   0   0   0   
rs103   9   172776204   C   T
1   318 0.99    0.105   0.08
1  3567    0.34    -0.15   0.001

这假定您的每个输入文件包含相同数量的行。要检查每个文件（从而避免潜在的合并问题），请使用wc：

wc -l file1.txt file2.txt file3.txt

结果：

3 file1.txt
3 file2.txt
3 file3.txt
9 total

HTH

Answer 2

在命令行上使用Perl：

perl -e '
    @fh = map {open my $fh, $_; $fh} @ARGV;
    print map <$_>.'', @fh until grep eof, @fh;
' file1.txt file2.txt file3.txt

Answer 3

使用perl的一种方式：

perl -e '
    open $fh1, q|<|, shift;
    open $fh2, q|<|, shift;
    open $fh3, q|<|, shift;
    while ( $l1 = <$fh1>, 
            $l2 = <$fh2>,
            $l3 = <$fh3> ) {
        printf qq|%s|, join qq||, $l1, $l2, $l3;
    }
' File1 File2 File3

输出：

rs101   12  126890980   A   G   
1   178 0.12    0.26    0.02    
1  3567    0.78    0.67    0.005   
rs102   4   114553253   A   C   
1   1458    0.35    0.37    0.021   
0  0   0   0   0   
rs103   9   172776204   C   T
1   318 0.99    0.105   0.08
1  3567    0.34    -0.15   0.001

Answer 4

在shell中使用文件描述符 -

while IFS= read -r lineA && IFS= read -r lineB <&3 && IFS= read -r lineC <&4 ; do   
echo "$lineA"; echo "$lineB"; echo "$lineC"
done <file1 3<file2 4<file3

按条件合并具有不同列信息的文件

4 个答案: