有没有办法通过MySQL中的编码来加密VB.NET个连接？
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不，不是“通过VB.NET中的编码”。
VB.Net必须使用MySQL通信协议进行通信，该协议不直接支持加密。
但是，您的VB.NET代码可以与MySQL安全通信。
MySQL recommendation是使用SSL来保护传输层的通信。这与VB.Net无关，与设置SSL连接和使用适当的连接字符串（在连接字符串中包含SSL Mode=Required）有关。
详见
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/connector-net-tutorials-ssl.html