Question

我有一个如下所示的行文件，并希望转换为两种列格式。

>00000_x1688514
TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968
TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA
...

所需的输出

>00000_x1688514 TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968 TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA
...

我将不胜感激任何帮助。感谢。

Answer 1

我不知道您是否了解用于读/写和其他遗传功能的BioPerl模块。你的问题可以这样写。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Bio::SeqIO;

my $file = 'o33.txt';
my $in  = Bio::SeqIO->new( -file   =>  $file,
                           -format => 'fasta');

while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
    print $seq->id, "\t", $seq->seq, "\n";
}

__END__
00000_x1688514  TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
00001_x238968   TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA

Answer 2

在python中：

fd = open('filepath')
cols = izip(fd, fd)
with open('output_filepath') as outfile:
    for col in cols:
        outfile.write('\t'.join(col).replace('\n', '') +'\n')

所需的输出应该在output_filepath

Answer 3

另一个Perl选项是将记录分隔符设置为'＆gt;'，一次读取两行，然后用换行符替换选项卡：

use Modern::Perl;

local $/ = '>';
do { s/\n/\t/; print }
  for <DATA>;

__DATA__
>00000_x1688514
TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968
TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA

输出：

>00000_x1688514 TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968  TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA

对于文件：

use Modern::Perl;
use autodie;

open my $inFile,  '<', 'inFile.txt';
open my $outFile, '>', 'outFile.txt';

local $/ = '>';
do { s/\n/\t/; print $outFile $_ }
  for <$inFile>;

close $inFile;
close $outFile;

希望这有帮助！

Answer 4

一种方法：

perl -i -pe 's/\n/ / unless m/^[ACGT]+$/' FILENAME

这将就地编辑文件FILENAME，用不是A，C，G和T字符串的每一行中的空格替换换行符。

Answer 5

使用awk：

awk '{ printf "%s", $0 (substr( $0, 1, 1 ) == ">" ? " " : ORS) }' infile

输出：

>00000_x1688514 TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968 TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA

Answer 6

在Ruby中我会使用类似的东西：

File.readlines('test.txt').map(&:strip).each_slice(2) do |row|
  puts row.join(' ')
end

哪个输出：

>00000_x1688514 TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968 TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA

Answer 7

更整洁的Python解决方案：

from itertools import izip

with open('test.txt') as inf, open('newtest.txt', 'w') as outf:
    for head,body in izip(inf, inf):
        outf.write(head.rstrip() + ' ' + body)

Answer 8

假设输入采用真FASTA格式，您可以使用awk和getline函数：

awk '/^>/ { printf "%s ", $0; getline; print }' file.txt

输出：

>00000_x1688514 TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968 TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA

HTH

将行转换为列

8 个答案: