Question

我无法通过Python调用名为sixpack的EMBOSS程序（通过命令行运行）。

我通过Windows 7，Python版本3.23，Biopython版本1.59，EMBOSS版本6.4.0.4运行Python。 Sixpack用于翻译所有六个阅读框中的DNA序列，并创建两个文件作为输出;标识ORF的序列文件和含有蛋白质序列的文件。

我可以从命令行成功调用三个必需参数：（-sequence [input file]，-outseq [output sequence file]，-outfile [protein sequence file]）。我一直在使用子进程模块代替os.system，因为我已经读过它更强大和多功能。

以下是我的python代码，它运行时没有错误，但不会生成所需的输出文件。

from Bio import SeqIO
import re
import os
import subprocess

infile = input('Full path to EXISTING .fasta file would you like to open: ')
outdir = input('NEW Directory to write outfiles to: ')
os.mkdir(outdir)
for record in SeqIO.parse(infile, "fasta"):

    print("Translating (6-Frame): " + record.id)

    ident=re.sub("\|", "-", record.id)

    print (infile)
    print ("Old record ID: " + record.id)
    print ("New record ID: " + ident)

    subprocess.call (['C:\memboss\sixpack.exe', '-sequence ' + infile, '-outseq ' + outdir + ident + '.sixpack', '-outfile ' + outdir + ident + '.format'])

    print ("Translation of: " + infile + "\nWritten to: " + outdir + ident)

Answer 1

找到答案..我使用错误的语法来调用子进程。这是正确的语法：

subprocess.call (['C:\memboss\sixpack.exe', '-sequence', infile, '-outseq', outdir + ident + '.sixpack', '-outfile', outdir + ident + '.format'])

无法从python调用EMBOSS程序

1 个答案: