Question

我有一个c ++程序，我使用

从命令行输入两个双打作为输入

int main(int argc, char *argv[]){
    double a,b;
    a = atof(argv[1]);
    b = atof(argv[2]);
    further code.....

我使用qsub实用程序在集群上运行代码，我有一个名为'jobsub.sh`的bash脚本来提交看起来像这样的作业

#!/bin/csh -f    
hostname                           
cd /home/roy/codes/3D             # change directory first -- replace Mysubdir
set startdir = `pwd`               # remember the directory we're in
if( ! -d /scratch/$USER ) then
    mkdir /scratch/$USER       # create scratch directory
endif                              # if it does not exist
#cp infile12 /scratch/$USER     # copy input file to scratch directory
cd /scratch/$USER                  # change to scratch directory
#rm *.*
$HOME/codes/3D/autoA100.out 2.1 2.2          # run a program
cp * $startdir         # copy outputfiles back to where we started

在终端我做qsub jobsub.sh

但是，我想在不同的内核上并行运行a和b的不同值的相同可执行文件。是否可以在bash脚本中编写for循环以便我可以执行像，

for i=1;i<=10;i++ {
   $HOME/codes/3D/autoA100.out 2+i*0.1 2+i*0.2
}

Answer 1

如果您要将执行脚本提交给批处理加载器，那么就无法通过简单的循环执行您想要的执行，因为整个脚本在每个节点上运行。但是，大多数批处理程序都为用户提供了环境变量。

例如，PBS有$PBS_ARRAYID，它指定作业运行时的唯一ID。因此，您的脚本可以具有：

，而不是使用循环

a=$(echo "2+($PBS_ARRAYID+1)*0.1" | bc -l)
b=$(echo "2+($PBS_ARRAYID+1)*0.2" | bc -l)
$HOME/codes/3D/autoA100.out $a $b

注意我已将1添加到$PBS_ARRAYID上方，因为当您的循环从0开始时，ID从1开始。值得一提的是，虽然bash本身可以做一些算法，但它无法处理实数;这就是为什么我必须调用bc。

Answer 2

您始终可以在后台运行作业（在这种情况下，shell将继续执行下一条指令）

MY_PIDS=
for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
do
    yourjob "$(a i)" "$(b i)" &   # Note the ampersand (background)
    MY_PIDS="$MY_PIDS "$!         # Do not write the $! inside the quotes, bash will
                                  # break (better, don't use bash but plain sh)
done

# Wait wor each job to complete and cleanup
for p in $MY_PIDS
do
    wait "$p"
    echo "Return code of job $p is $?"
    do_cleanup_for "$p"
done

但当然你需要确保并行运行的作业不会踩到彼此的脚（比如写入同一个文件）。

在bash脚本中使用循环变量来传递不同的命令行参数

2 个答案: