Question

我想在Ubuntu中使用R软件包RNetCDF和ncdf。

当我尝试install.packages('RNetCDF')或install.packages('ncdf')时，我会遇到类似的错误：

...
ncdf.c:3:20: fatal error: netcdf.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [ncdf.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘ncdf’
...
Warning message:
In install.packages("ncdf") :
  installation of package ‘ncdf’ had non-zero exit status

安装了Ubuntu存储库中的包libnetcdf6和netcdf-bin。我还需要做点什么吗？

Answer 1

您需要安装这些软件包的-dev以获取编译软件包所需的标头。在这种情况下，您需要libnetcdf-dev，udunits-bin和libudunits2-dev

Answer 2

就我而言，需要libudunits2-dev包。

sudo apt-get install libudunits2-dev

由于我从源代码安装了NetCDF，因此我必须手动指定 lib 和 include 文件夹的位置

install.packages("/home/user/Downloads/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz", 
repos = NULL,
type="source",
dependencies=FALSE,
configure.args="--with-netcdf-include=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/include --with-netcdf-lib=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/lib")

Answer 3

只是为了澄清，因为你的初始问题是在R中，并且修复是在R之外应用的。我最初是在尝试做

install.packages（“libnetcdf-dev”），它不起作用。

相反，来自R的外部：sudo apt-get install libnetcdf-dev

为我修好了。

Answer 4

在 Ubuntu 20.04 LTS 中，可以使用 bash 命令 sudo apt install r-cran-ncdf4 安装 ncdf4 软件包（supersedes ncdf），包括所有依赖项。同样，对于 RNetCDF，您可以使用 sudo apt install r-cran-rnetcdf。

如何在Ubuntu上安装R软件包“NetCDF”和“netcdf”？

4 个答案: