igraph轴xlim ylim绘图不正确

Question

如果我制作图表g：

g <- read.table(text="

 A  B   W

 1  55  3
 2  55  5
 3  99  6 ",header=TRUE)

library(igraph)
g <- graph.data.frame(g)

和坐标矩阵：

y<-1:5
x<-c(0.1,0.1,0.2,0.2,0.8)
l<-data.frame(x,y)
l<-as.matrix(l)

我可以根据自定义坐标和绘图轴绘制带有节点位置的图形。

plot(g,layout=l,rescale=F,axes=TRUE,ylim=c(0,6),xlim=c(0,1))

但是xaxis限制功能不正常，我认为是由yaxis限制改变的。我如何以他想要的方式控制x轴，例如将其保持在0和1之间。

即。 plot(x,y,xlim=c(0,1),ylim=c(0,6))

这是一个错误吗？如果是，并且这无法解决是否有另一个具有相同功能的包？

Answer 1

简短的回答是，您需要将调用的asp参数设置为0，因为默认值为asp = 1，这会产生您看到的行为（即，它不是一个错误，这是一个功能）。下面给出解释的长答案。

---

正如您所注意到的，xaxis因yaxis而异。具体来说，x轴在高位数和低位数之间的距离大致相同yaxis：

• 如果yaxis = c(0,6)，则x轴从-3变为4. 6 - 0 = 6和4 - (-3) = 7
• 如果yaxis = c(0,3)，则x轴从-1变为2. 3 - 0 = 2 - (-1) = 3

Igraph似乎在轴之间保持恒定的比率。

如果您拨打?plot.igraph（使用igraph对象调用的绘图功能，也可以通过help(package = "igraph")找到），则可以在See Also下找到：

  

igraph.plotting有关绘图的详细说明   参数

如果您点击此链接（或致电?igraph.plotting）并查看参数，您会发现：

  

asp一个数字常量，它给出了绘图的asp参数，纵横比。如果您不想提供纵横比，请在此处提供0   它被tkplot和rglplot忽略。

     

默认为1。

因此，在igraph中，方面参数asp默认为1。如果您想要其他比率，请将其设置为0：

plot(g,layout=l,rescale=F,axes=TRUE,ylim=c(0,6),xlim=c(0,1), asp = 0)

这回答了你的问题。但请注意，这些要点现在相当大。您可能想要使用以下参数（在?igraph.plotting上找到，但请注意，许多参数需要由vertex.作为前缀，如我所做的那样）：

• vertex.size默认值为15,5似乎更好
• vertex.label.cex默认值为1，0.8似乎更好。

以下产生了更好的情节：

plot(g,layout=l,rescale=F,axes=TRUE,ylim=c(0,6),xlim=c(0,1), asp = 0, vertex.size = 5, vertex.label.cex = 0.8)