igraph固定节点坐标布局

Question

我发现这个answer非常有用。它可以帮助我绘制网络/图形并选择图中节点的坐标。

然而，布局将坐标重新调整为-1到1.首先，我试图找出它是如何做到这一点但不能。它会做这样的事吗??

(coordinate - mean(coordinates))/(coordinate + mean(coordinates)

第二种方法是保留原始坐标吗？我喜欢用图表制作轴，因此不希望重新调整所有内容。

Answer 1

第一个问题的答案在plot.igraph函数的源代码中;在R提示符下键入plot.igraph以获取完整的源代码。那里有一部分说：

layout <- layout.norm(layout, -1, 1, -1, 1)

layout.norm是igraph的另一个功能，可以为你带来魔力;输入layout.norm以查看其工作原理。

现在，第二个问题的答案非常简单;只需将rescale=F传递给plot的参数，这会使igraph跳过调用plot.igraph的{​​{1}}中的整个分支，这样它就可以使用您原来的layout.norm坐标。然后，您可以像往常一样使用xlim和ylim来设置X和Y轴的限制。

Answer 2

  set.seed(111)
  ig <- graph_from_data_frame(as.data.frame(matrix(sample(letters,40,rep=TRUE),nc=2)))
  set.seed(123)
  ig.layout <- layout.fruchterman.reingold(ig)
  rownames(ig.layout) <- V(ig)$name
  par(bg="white",mar=c(0,0,0,0),oma=c(0,0,0,0))
  plot.igraph(ig,layout=ig.layout,vertex.color=adjustcolor("gray",alpha.f=0.5),rescale=FALSE,xlim=c(4,11),ylim=c(4,11))
  set.seed(321)
  ig.sub <- subgraph(ig,sample(V(ig)$name,5))
  plot.igraph(ig.sub,layout=ig.layout[V(ig.sub)$name,],add=TRUE,vertex.color=adjustcolor("orange",alpha.f=0.5),rescale=FALSE)

此代码输出图形，其中橙色节点随后添加。