Question

我安装了Biopython，但我无法让计算机识别模块。例如，我在Komodo中创建了一个文本文件，如下所示：

from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import Seq
my_prot=Seq.Seq("AGTACACTGGT",IUPAC.protein)

并在终端中运行并接收：

Traceback (most recent call last):
  File "bio.py", line 1, in <module>
    from Bio.Alphabet import IUPAC
ImportError: No module named Bio.Alphabet

为了记录，我无法以交互模式导入模块。文档声明我可以通过导出到一个名为PYTHONPATH的环境变量（与PATH一样）来附加模块搜索路径，但是当我在终端中键入“env”时，我看不到该类型的环境变量。我是一名生物学家 - 不是计算机科学家或程序员。如果这听起来像废话，请忍受我的天真。

Answer 1

您必须找到所需模块所在的目录（Bio），然后将目录路径添加到PYTHONPATH。

$ export PYTHONPATH=/usr/local/bio-python/

您必须指定找到的路径，而不是/usr/local/bio-python/。

要查找模块，您必须使用以下内容：

$ find / -name \*Bio\*

这只是一个例子。当然，如果你能提供一些额外的信息（例如你安装模块的地方等等）会更好。

Answer 2

按开始按钮，右键单击我的电脑，选择属性，转到高级，单击环境变量。然后找到你的路径变量，并通过添加分号，然后添加路径来编辑它。例如，如果我的路径变量是“C：\ Program Files \ Java \ jdk1.7.0_02 \ bin”，我可以将其更改为“C：\ Program Files \ Java \ jdk1.7.0_02 \ bin;（把路径放在这里）“

Biopython，PYTHONPATH，寻找模块的问题

2 个答案: