Question

我正在编写一个需要调用外部程序hmm3align的Python程序，该程序从命令行运行如下：

hmm3align hmm_file fasta_file -o output_file

通常，程序需要两个输入文件并将结果写入第三个文件。我的程序实际上有多个调用外部程序的情况，但这是外部程序有两个文件输入的唯一情况。我的目的是避免编写和读取文件以允许这些外部程序相互通信;我希望在会话期间将所有数据存储为Python变量，并在需要时将这些变量提供给外部程序。

在需要调用hmm3align的Python程序中，我已经有两个Python变量hmm_model和fasta_model，它们分别包含通常包含在hmm_file和fasta_file中的信息。我想做的是通过stmm传递hmm_model和fasta_model来调用hmm3align（因为我认为这是将它们作为输入提供的唯一方法），然后将stdout中的结果捕获到名为align_results的第三个Python变量中。为此，我创建了一个单独的函数，它使用子进程模块，如下所示：

def hmmalign(hmm_model,fasta):
     args = ["/clusterfs/oha/software/bin/hmm3align",
             "-", "-",
             "-o", "/dev/stdout"]
     process = subprocess.Popen(args, shell=False, stdin=subprocess.PIPE, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
     return process.communicate(hmm_model,fasta)[0]

所以你可以看到，我试图通过stdin发送两个变量。 args列表中的两个“ - ”用于捕获这两个变量;我看过其他例子中使用的“ - ”，但其目的不明确，我可能误解了事情。

果然，我在Traceback结束时收到以下错误：

TypeError: communicate() takes at most 2 arguments (3 given)

所以我不能通过stdin将两个单独的变量传递给程序。我应该提一下，当该程序只需要一个输入文件时，我已经能够在类似的外部程序上运行子进程。

如何使这项工作？是否可以使用具有多个输入的子进程？我查看了文档并没有看到这个问题的答案。提前谢谢。

Answer 1

标准输入是单个数据流;在Unix上，它是连接到单向管道的输出端的文件描述符。按照惯例，从命令行上指定的单个文件读取的程序将-理解为从stdin而不是从文件读取的指令。但是，对于从两个文件读取的程序，无法从stdin读取两次，因为它是单个数据流。

还有其他文件描述符可用于通信（stdin是fd 0，stdout是fd 1，stderr是fd 2）但是没有传统的方法来指定它们而不是文件。

最有可能在这里工作的解决方案是 named pipes （FIFO）;在Python中，使用os.mkfifo创建命名管道，使用os.unlink删除它。然后，您可以在写入程序时将其名称传递给程序（它将显示为可以读取的文件）（使用open）。

Python子进程有两个输入

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