Question

我需要在Intel i7（8核）上进行并行处理，并使用Ubuntu 12.04（64位）和R2.15.0（来自RStudio）。我已经成功完成了几周，但从昨天开始任何并行R处理的尝试都会减慢处理速度，因此几乎已经死了。计算机本身就像以前一样快（网页浏览等），但R只是等待和等待。我通常每天更新Ubuntu（Update Manager），但不确定这是否与此相关。

此代码阻止我的R工作。请不要运行它，除非你撞坏R，并且知道如何使用“KILL -9”......

library(parallel)
library(gsubfn)

doSomething <- function(xx) {
  test <- 16
  return(test)
}

in.list <- list(1, 2, 3)

out.list.1 <- lapply(in.list, doSomething)                # Works well (< 1s)
out.list.2 <- mclapply(in.list, doSomething)              # Takes tens of minutes
out.list.3 <- mclapply(in.list, doSomething, mc.cores=1)  # Works well (< 1s)
out.list.4 <- mclapply(in.list, doSomething, mc.cores=2)  # Takes tens of minutes

经过大量测试并“杀死-9”后，我想我已将问题分离到“库（gsubfn）”。它自动加载“加载所需的包：proto 加载所需的命名空间：tcltk 加载Tcl / Tk界面......完成“

我需要gsubfn-package，所以不能排除它。可以做些什么来避免这个问题吗？

感谢所有人为R-tag做出贡献！

/克里斯

Answer 1

尝试使用：

options(gsubfn.engine = "R")

这会阻止gsubfn加载tcl，这可能会导致mclapply函数出现问题。看到： How can I prevent R from loading a package?

和： https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-hpc/2009-August/000324.html

Answer 2

这段代码对我来说都很完美。我在Fedora 20下运行R 3.0.2，使用比你更老的机器。也许您应该更新R安装并重试。

正如之前的评论建议的那样，总是从终端R运行并行代码。我做了很多mclapply工作，很少或从不在RStudio中工作。

mclapply但没有lapply停止R

2 个答案: