需要在输出文件中打印文件的第二列

Question

我们的文件已与samtools一起查看。我只需抓住第二列，所以我做了

./samtools view mybamfile.bam | awk '{ print $2 }' > output.txt

你会猜测那不起作用..如果awk不是一个好的选择，我应该如何查询只获取第二列我的文件 mybamfile.bam 我愿意尝试其他任何东西！

Answer 1

我认为./samtools view view mybamfile.bam的输出是制表符分隔的，因此应将AWK的字段分隔符设置为制表符（-F'\t'）以获取第二列。

尝试此命令：

 ./samtools view mybamfile.bam | awk -F'\t' '{ print $2 }' > output.txt

选项卡作为分隔符：

如果未指定字段分隔符，AWK将在“空格”（例如空格和制表符）上拆分，使用-F'\t'确保它仅在选项卡上分割 ，而不是空格。这会在包含空格和制表符的文件中产生差异。 E.g，

irene adler john moriarty
frank pempleton tim bayliss

假设每行上的两个名称之间有一个标签。如果标签字符不指定为字段分隔符，AWK将在每行中看到 4 字段，第2列将包含adler和pempleton。如果将 标签指定为字段分隔符，则AWK只会在每一行上看到 2 字段，而第2列将包含john moriatry和tim baylis。

在Linux下使用GNU Awk 3.1.6进行测试。

Answer 2

awk默认将字段分隔符作为tab.so如果字段分隔符确实是一个选项卡，那么你的命令应该可以工作。 也许你可以试试：

./samtools view mybamfile.bam |cut -f2 -d'\t'