在Python中解析以制表符分隔的文件

时间:2012-06-15 23:31:50

标签: python tabs io

我正在尝试在Python中解析一个以制表符分隔的文件,其中一个数字与一行的开头相距k个标记,应放在第k个数组中。

是否有内置函数来执行此操作,或者更好的方法,除了逐行阅读并执行一个天真的解决方案将执行的所有明显处理?

4 个答案:

答案 0 :(得分:51)

您可以使用the csv module轻松解析制表符分隔值文件。

import csv

with open("tab-separated-values") as tsv:
    for line in csv.reader(tsv, dialect="excel-tab"): #You can also use delimiter="\t" rather than giving a dialect.
        ... 

其中line是每次迭代的当前行的值列表。

编辑:如下所示,如果您想按列读取,而不是按行读取,那么最好的办法是使用内置的zip()

with open("tab-separated-values") as tsv:
    for column in zip(*[line for line in csv.reader(tsv, dialect="excel-tab")]):
        ...

答案 1 :(得分:10)

我认为目前的答案中没有任何一个真正符合您的要求。 (更正:我现在看到@Gareth Latty / @Lattyware已将我的答案合并到他自己的“编辑”附近。)

无论如何,这是我的看法:

说这些是输入文件中以制表符分隔的值:

1   2   3   4   5
6   7   8   9   10
11  12  13  14  15
16  17  18  19  20

然后这个:

with open("tab-separated-values.txt") as inp:
    print( list(zip(*(line.strip().split('\t') for line in inp))) )

将产生以下内容:

[('1', '6', '11', '16'), 
 ('2', '7', '12', '17'), 
 ('3', '8', '13', '18'), 
 ('4', '9', '14', '19'), 
 ('5', '10', '15', '20')]

如您所见,它将每行的第k个元素放入第k个数组。

答案 2 :(得分:3)

像这样:

>>> s='1\t2\t3\t4\t5'
>>> [x for x in s.split('\t')]
['1', '2', '3', '4', '5']

对于文件:

# create test file:
>>> with open('tabs.txt','w') as o:
...    s='\n'.join(['\t'.join(map(str,range(i,i+10))) for i in [0,10,20,30]])
...    print >>o, s

#read that file:
>>> with open('tabs.txt','r') as f:
...    LoL=[x.strip().split('\t') for x in f]
... 
>>> LoL
[['0', '1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', '8', '9'], 
 ['10', '11', '12', '13', '14', '15', '16', '17', '18', '19'], 
 ['20', '21', '22', '23', '24', '25', '26', '27', '28', '29'], 
 ['30', '31', '32', '33', '34', '35', '36', '37', '38', '39']]
>>> LoL[2][3]
23

如果您想要输入转置:

>>> with open('tabs.txt','r') as f:
...    LoT=zip(*(line.strip().split('\t') for line in f))
... 
>>> LoT[2][3]
'32'

(更好)在默认发布中使用csv模块......

答案 3 :(得分:0)

你可以很容易地通过 python pandas pd.read_csv ('file_name.tsv', sep='\t')


[注意:需要用这个命令安装pandas pip install pandas]