Question

所以我需要在我的Rapache程序中访问MSSQL服务器，当我尝试在我的Rapache代码中加载RJDBC作为库时，我收到服务器错误。在日志中它看起来像这样：

    referer: http://10.21.8.145/
    Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
      call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
      error: unable to load shared object '/usr/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
      libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
    Error: package/namespace load failed for 'rJava'
 Traceback:
    5: stop(gettextf("package/namespace load failed for %s", sQuote(package)), 
   call. = FALSE, domain = NA)
    4: library(rJava)
    3: eval.with.vis(expr, envir, enclos)
    2: eval.with.vis(ei, envir)
    1: source("/var/www/brew/optimization.R")
    [Fri Jun 15 13:57:29 2012] [error] [client 10.21.2.79] File does not exist:  /var/www/favicon.ico

我也检查过，rJava.so存在于该目录中。是libjvm.so吗？

事情就是当我在R中运行这个库（RJDBC）它说：

    Loading required package: DBI
    Loading required package: rJava
    Warning message:
    replacing previous import 'show' when loading 'rJava'

然后我的所有RJDBC代码都可以正常工作。这是一个Java配置的问题，还是rApache由于警告消息而无法运行库的问题？

Answer 1

是的，它与libjvm.so有关;）rjava.so无法找到它！

各种Linux发行版（我认为你正在运行linux？）将在受限制的环境中启动apache，从而限制进程可以找到共享库的位置。我建议查看shell脚本以查看是否发生了这种情况。

我还会研究动态链接器运行时绑定配置，例如/etc/ld.so.*文件以及ldconfig命令。

尝试从您的个人R会话中运行您的代码。如果它没有在那里运行，那么你需要先修复你的java / rJava安装。如果确实在那里运行，那么请探索我上面讨论的主题。

哦，我记得：rJava可能源于一些java特定的环境变量，位于rJava包安装中。看看你的本地会话是否发生了这种情况。如果是这种情况，那么当运行apache / rApache时，您很可能需要这些设置。

正如我上面提到的，如果您的发行版限制了apache的环境，那么您将不得不将这些Java环境变量填充到该限制过程中。

干杯！

杰夫

Answer 2

我遇到了同样的问题，并确定原因是rApache没有设置LD_LIBRARY_PATH环境变量。这需要在为rJava（或依赖于它的任何包）创建R环境之前设置，以便正确初始化（即能够找到libjvm.so的路径。）

您可以使用简单的测试脚本进行检查：

setContentType('text/text')
cat(Sys.getenv()['LD_LIBRARY_PATH'], '\n')
DONE

不幸的是，对Apache使用SetEnv指令的简单修复不起作用。相反，您需要执行以下操作：

（请注意以下内容是在64位RHEL5服务器上完成的）

将文件添加到名为/etc/ld.so.conf.d的{{1}}，其中包含以下内容：

rApache_rJava.conf

（上面一行是我服务器上/usr/lib/jvm/java-1.6.0-openjdk-1.6.0.0.x86_64/jre/lib/amd64/server/的父目录的路径）

以root身份：

libjvm.so

然后重启Apache

Apache重新启动后，您应能够通过依赖于$ /sbin/ldconfig的rApache运行R脚本，例如任何有这样的行的东西：

rJava

上面的流程以及其他参考链接也在我的博客上列出： http://oddhypothesis.blogspot.com/2012/06/making-rapache-load-rjava.html

编辑：完全披露

上面链接的博客是我自己的

RJDBC没有加载为Rapache中的库

2 个答案:

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